Ingénieur-e en bioinformatique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'Unite mixte de recherche (UMR) INRAE-ONF BioForA (Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt) est impliquée dans le décryptage des mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation et la plasticité des individus dans le contexte des changements environnementaux. A une échelle plus intégrative, elle s'intéresse également à la quantification de la diversité génétique dans les populations naturelles et sélectionnées de plusieurs espèces d'arbres. Dans ces deux domaines, le rôle de la génomique est fondamental, fournissant le cadre conceptuel pour l'étude des fonctions sous-jacentes à l'expression du phénotype et pour la caractérisation de la diversité génétique. Dans les deux cas, le traitement des jeux de données acquis par séquençage/génotypage haut-débit et l'exploitation et/ou la conception d'outils bio-informatiques sont des stratégies centrales dans la production de données dans notre recherche. Le haut débit qui caractérise ces approches moléculaires souvent génome-entier et la haute technicité du traitement des données brutes avant l'analyse scientifique nécessitent l'assistance d'experts en bio-informatique. A cet égard, votre activité sera exercée au sein d'un groupe d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants de l'unité, qui produisent et utilisent couramment des données omiques, souvent obtenues dans le cadre de projets de grande envergure (ANR, Horizon Europe et PEPR).
Vous serez en charge de projets omiques de différentes natures (génomique, transcriptomique, détection et d'annotation de variants (ponctuels ou structurels) et épigénomique). Cette implication s'étendra à toutes les étapes de ces projets, depuis la phase initiale de montage, où vous conseillerez sur le plan expérimental et les ressources nécessaires, notamment en termes de stockage et de sauvegardes, jusqu'à l'interprétation des résultats et leur exploitation. Plus spécifiquement, vous serez responsable de l'identification, de la sélection et de l'annotation de polymorphismes, obtenus à partir de populations naturelles et sélectionnées d'espèces forestières d'intérêt pour l'unité, en particulier le peuplier. En collaboration avec les chercheurs de l'unité, vous analyserez la variabilité allélique en utilisant des données de différentes natures omiques dérivées des nouvelles technologies de séquençage à haut débit. A l'écoute des dernières avancées technologiques, vous prendrez des décisions techniques, notamment en ce qui concerne la conception, le développement et la mise à jour de pipelines bio-informatiques pour l'analyse, la validation des données et leur préparation en vue de leur incorporation dans les bases de données de l'institut ou dans des centres de données publics internationaux. Vous participerez avec les chercheurs ou collaborateurs de l'unité à l'élaboration de datapapers, de publications scientifiques ou de projets collaboratifs.
De plus, vous conseillerez et fournirez une assistance technique aux chercheurs de l'unité afin de répondre au besoin croissant en traitements des données générées par nos outils génomiques. Pour cela, vous développerez et optimiserez différents pipelines pour analyser et annoter les données d'expression ou d'épigénomique à haut débit sur des clusters de calcul (datacenters nationaux). Vous contribuerez également à l'encadrement des étudiants, des doctorants et des post-doctorants, lorsque des analyses bio-informatiques sont nécessaires. Enfin, vous serez le contact privilégié de l'unité dans le domaine de la bio-informatique avec des partenaires externes (bioinformaticien(ne)s d'autres unités INRAE ou collaborateurs de projets) et des plateformes génomiques ou des centres de données. Vous participerez à différents réseaux de compétences-métiers en bio-informatique (CATI - Centre Automatisé de Traitement de l'Information, PEPI - Partage d?Expérience et de Pratiques en Informatique) au sein de INRAE.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en bio-informatique ou science des données. Vous avez également des compétences en analyse de données omiques. La maitrise de l'environnement Linux/Unix et de l'utilisation d'un cluster de calcul ainsi qu'un niveau avancé de programmation dans au moins un langage (scripting unix, Python) est nécessaire. Il serait souhaitable que vous soyez familiarisé-e avec les outils de reproductibilité incluant gestionnaires de version (git), de virtualisation (conda, singularity, docker) et gestionnaires de workflow (snakemake / nexflow). Vous êtes capable de conceptualiser et de rédiger une documentation technique adaptable à différents niveaux d'utilisateurs. Vous êtes à l'aise dans l'interaction quotidienne avec les biologistes dans votre environnement de travail et savez communiquer sur les détails techniques et méthodologiques spécifiques à la bio-informatique. La maitrise de l'anglais (lu, parlé, écrit) est indispensable.