Chargé-e de recherche sur les phages des bacteries pathoghènes

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'équipe se focalise sur l'épidémiologie, la génétique, la génomique, et les déterminants moléculaires des populations de Xanthomonas oryzae pv oryzae (Xoo), responsable de la bactériose vasculaire du riz en Afrique. Vous exploiterez ces connaissances pour intégrer la recherche sur les phages pour contrôler et comprendre mieux ce pathogène. L'équipe dispose de matériel de microbiologie et biologie moléculaire, d'une collection de plus de 5000 souches de Xanthomonas, accompagnée d'informations sur leur phénotype/génotype, et d'une bonne connaissance des situations de terrain. Vous bénéficierez d'un soutien technique de 6 agents ingénieurs et techniciens. L'équipe dispose de compétences avancées en bioinformatique, ayant permis l'analyse de centaines de génomes de Xoo (séquençage MinION en routine). Des recherches sur les phages ciblant Xanthomonas ont débuté en 2023 et avec le projet "Occiphage", soutenu par l'appel "Défi Clé Région OCTAAVE". Occiphage explore la "Diversité et emploi de bactériophages à potentiel de lutte biologique contre les bactéries pathogènes de cultures tempérées et tropicales". Les phages constituent une méthode de biocontrôle sur les semences, abordable pour les pays d'Afrique. Vous profiterez d'un réseau de chercheurs-es français, européens-es et internationaux via des collaborations et des projets en cours. Des interactions privilégiées avec d'autres équipes PHIM (MICROQUAR P. Rott et P. Roumagnac et MULTI S. Blanc), renforceront les approches métagénomiques et moléculaires.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent souhaité