Assistant-e biologie moléculaire et biochimie des protéines

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité mixte de recherche (UMR) INRAE-CIRAD-IRD-Montpellier Institut Agro-Université Montpellier « Plant Health Institute of Montpellier » (PHIM). Dans cette unité nous étudions les interactions plante / environnement impactant l'état sanitaire des plantes, leur croissance et leur productivité. Les interactions plantes - microbes ou insectes (pathogènes ou bénéfiques) sont étudiées par des approches de biologie et génétique moléculaires, de génétique et génomique des populations, d'épidémiologie, de dynamique et de modélisation des populations, à différentes échelles. L'unité compte 136 agents permanents et 60 non permanents répartis dans 4 pôles de recherche.
Vous serez affecté-e à l'équipe CIME (Cereal Immunity and Magnaporthe Effectors) du pôle ITEM (InTeractions plante pathogène : Evolution et Mécanismes). Ce pôle compte 5 équipes (46 agents permanents dont 5 dans l'équipe CIME). Les recherches d'ITEM visent à élucider les mécanismes moléculaires et les processus évolutifs façonnant les interactions entre plantes et agents pathogènes ou symbiotiques, fongiques et bactériens. L'étude des génomes et des gènes impliqués dans les interactions (notamment les relations structure/fonction/évolution) est au coeur des recherches d'ITEM et en constitue le socle fédérateur. L'équipe CIME étudie les mécanismes moléculaires qui conduisent aux maladies fongiques ou qui, au contraire, permettent aux plantes de résister naturellement à ces maladies, dans le but de mieux comprendre le dialogue moléculaire entre plantes et microorganismes pathogènes et de générer des connaissances pour une protection efficace et durable des cultures.
Votre mission sera de mener, de manière transversale et en interaction avec les chercheurs de PHIM, l'analyse fonctionnelle de gènes et de protéines clés du dialogue moléculaire entre les plantes et les agents pathogènes fongiques, bactériens ou autres.
Pour cela, vous utiliserez une large gamme d'outils et techniques de biochimie des protéines, de biologie moléculaire et de génomique fonctionnelle afin d'étudier des récepteurs immunitaires, des effecteurs de virulence et leurs cibles chez la plante. Vous vous servirez des méthodes de clonage à haut débit et d'outils de biologie synthétique pour créer des constructions géniques nécessaires à vos analyses.
A 20% de votre temps, vous formerez et encadrerez d'autres agents dans l'utilisation de ces techniques, et vous gérerez et centraliserez, au niveau de l'unité, les outils et ressources biologiques pour la biologie synthétique, les clonages à haut débit et la biochimie des protéines.
Vos activités comporteront l'analyse de la fonction de gènes et de l'activité de protéines par un large spectre de techniques et d'approches :
- Production de protéines recombinantes chez E. coli ou dans des systèmes eucaryotes (ex. plantes ou cellules d'insectes) ;
- Purification de protéines, par diverses techniques (ex. affinité, exclusion de taille, etc.) ;
- Caractérisation de protéines et de complexes protéiques par des techniques de biochimie et d'immunologie ;
- Analyse d'interactions protéine-protéine par diverses techniques de biologie moléculaire telles que le double hybride dans la levure, le split luciférase, le pull-down/MS, le Turbo-ID, la co-immunoprécipitation, etc. ;
- Clonage et biologie synthétique : clonages Gateway, Golden-Gate, Gibson, In Fusion, etc. ;
- Caractérisation d'organismes entiers par des méthodes de biologie moléculaire (PCR, qPCR, etc.).
Vous formerez les chercheurs, ingénieurs et techniciens, et étudiants de l'équipe et de l'unité à l'utilisation de ces méthodes. Vous serez chargé-e de la sécurisation et la pérennisation des protocoles, outils et ressources biologiques afin d'en assurer la traçabilité et l'accessibilité. Vous animerez le plateau « biochimie des protéines » de l'unité PHIM.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.

Formations et compétences recherchées

Formation :
- Biologie moléculaire : clonage moléculaire classique et à haut débit (biologie synthétique type clonage Gibson, golden Gate etc.) analyse de séquences, analyse d'interactions de protéines in vivo (e.g. double hybride chez la levure, split luciferase, etc.) ;
- Biochimie des protéines : production de protéines recombinantes chez E. coli ou dans des systèmes eucaryotes (e.g. plantes ou cellules d'insectes), purification de protéines, caractérisation de protéines par des approches biochimiques.
Compétences :
- Rigueur et sens de l'organisation ;
- Fiabilité et sens de responsabilité ;
- Capacité au travail en équipe ;
- Connaître et appliquer les bonnes pratiques de laboratoire ;
- Rédiger des documentations scientifiques ;
- Transmettre des savoir-faire et techniques ;
- Gérer les relations avec des interlocuteurs variés (chercheurs, ingénieurs, étudiants, stagiaires) ;
- Anglais : des bases seraient appréciées (niveau IV/B2).