Ingénieur-e biologiste en analyse de données

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité sur le campus de l’Université Paris-Saclay, au sein de l'unité mixte de recherche (UMR) Génétique Quantitative et Evolution, qui comprend 60 agents. L’UMR développe des approches expérimentales et théoriques sur la génétique et l’évolution des caractères quantitatifs dans les populations, avec un intérêt particulier pour les plantes cultivées et des finalités en lien avec l’agriculture. Vous rejoindrez l’équipe DEAP (Diversité Evolution et Adaptation des Populations), qui travaille sur la mobilisation de la diversité cultivée (variétés, populations, associations variétales et d'espèces) pour la transition agroécologique. 

Dans un premier temps, votre activité s'exercera principalement en interaction avec les trois chercheurs, l’assistante-ingénieure et les doctorants et stagiaires de l’équipe. Vous contribuerez aux réflexions collectives de l’unité au sein de l’axe transversal « Mobilisation de la diversité cultivée ». Vous collaborerez également avec les scientifiques d’autres laboratoires (France, Europe), et participerez à des conférences nationales ou internationales. Les suivis d’essais et ateliers demanderont d’effectuer des missions courtes en France ou en Europe. Vous développerez vos travaux de recherche dans le cadre de la mobilisation de la biodiversité cultivée, un axe clé de la transition agroécologique. 

De nombreux travaux soulignent la nécessité de diversifier les cultures, notamment à l’échelle de la parcelle. Dans ce but, vous aurez pour mission de développer des outils d’analyse et d’aide à la décision pour appuyer la diversification génétique en agriculture, pour permettre la conception et la sélection de variétés et populations adaptées à des systèmes de culture agroécologiques. Vous travaillerez ces questions en développant i) des analyses statistiques sur des essais en stations expérimentales, ainsi que des dispositifs d’essais à la ferme ; ii) des prototypes d’outils d’évaluation et d’aide à la décision ; iii) des ateliers pour discuter des analyses et mettre en œuvre avec les praticiens les outils développés. 

Vous porterez le développement d’outils conçus par l’équipe DEAP, notamment pour proposer des assemblages de variétés de blé ou analyser des dispositifs multi locaux d’évaluation variétale. Vous serez également amené-e à faire évoluer les dispositifs. En effet, vos travaux porteront sur les méthodes d’évaluation appliquées à des dispositifs expérimentaux incomplets en station (sparse testing) ou très deséquilibrés à la ferme (on-farm experiment), qui nécessitent des modèles statistiques spécifiques. Vous travaillerez également à l’intégration des données génomiques et phénomiques. 

Vous formerez du personnel (stagiaire, CDD) et contribuerez à co-concevoir des formations avec divers collectifs (agriculteurs, sélectionneurs, conseillers agricoles). 

Dans le cadre des analyses de données, vous vous approprierez les différentes méthodes génétiques et statistiques développées par l’équipe, permettant d’analyser i) les résultats d’essais d’évaluation variétale et ii) de mélanges et de suivis à la ferme, en dispositifs plus ou moins déséquilibrés. Vous concevrez de nouvelles analyses, en interaction avec les collègues de l’équipe, et des collaborateurs étrangers ou partenaires des filières semencières. 

Vous assurerez la veille scientifique sur les méthodes d’analyses génétiques et statistiques liées à vos recherches, que vous intégrerez dans les chaînes d’analyse en construisant des logiciels pour en faciliter l’utilisation. 

Vous aurez la charge de la bonne gestion des données, en utilisant les bases de données disponibles dans l’unité et en les faisant évoluer avec les collègues bio-informaticiens. Vous contribuerez à la science ouverte en déposant données et scripts sur des serveurs institutionnels, permettant le libre accès et la reproductibilité scientifique. Concernant les outils d’aide à la décision, vous prendrez en main les deux outils actuellement mis en place dans l’équipe : i) une application qui permet une évaluation multicritère de mélanges variétaux de blé tendre, notamment concernant la résistance aux maladies ; ii) une application qui permet d’évaluer la performance et la stabilité de variétés, et de mélanges de variétés, sur la base de tests variétaux multi locaux. 

Vous intégrerez de nouvelles analyses et développerez des interfaces pour améliorer à la fois la qualité des évaluations/prédictions des outils, et l’ergonomie des outils. Ce travail sera basé sur des ateliers de co-conception, où les utilisateurs valideront les fonctionnalités des outils et proposeront des évolutions. Lors de ces travaux, vous aurez à former des étudiants et CDD, et à animer des collectifs et réseaux professionnels. 

En connexion avec l’équipe, vous gérerez les moyens humains et techniques et financiers, dans le cadre de projets financés. 

Vous aurez à diffuser et valoriser les résultats de vos analyses et les outils développés, au travers de publications dans des revues scientifiques internationales et des communications lors de congrès, mais également dans des revues agricoles, des notices, des formations et des ateliers.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau master, DEA, DESS, d’ingénieur dans le domaine de la génétique quantitative, génétique des populations ou de l’agroécologie, avec une forte composante en analyses statistiques. 

Vous maîtrisez les concepts de l’amélioration des plantes, et vous avez une compétence forte dans l’analyse de données sous R (ou python) : codage d’exploration de données et analyses statistiques, simulations. 

Vous êtes à l’aise en anglais, vous avez le goût du travail en équipe, et vous êtes doté-e de bonnes capacités de communication. 

Vous êtes curieu-x-se, critique, et souhaitez acquérir de nouvelles compétences. 

Vous êtes soucieu-x-se de contribuer à la transition agroécologique et de renforcer cette orientation à INRAE. 

Vous êtes intéressé-e par porter des recherches finalisées et participatives, visant le développement d’applications et d’outils pour des acteurs de la diversification agricole (agriculteurs/conseillers/sélectionneurs). Pour cela, vous avez envie de transmettre vos connaissances, de collaborer et communiquer avec différents acteurs des filières semencières et agricoles, et de concevoir des outils pédagogiques.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 4.93 Mo
2. Je note le numéro du profil IR26-BAP-3
3. Je postule Espace d'inscription