Bioinformaticien-ne

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'équipe SIGENAE au sein de l'Unité mixte de recherche GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevages), un collectif composé exclusivement de bioinformaticien-ne-s qui accompagne de nombreux projets de recherche en génétique animale, santé animale, physiologie et systèmes d'élevage, ainsi qu'en sciences du numérique. Vous travaillerez en étroite collaboration avec une équipe de recherche, spécialisée dans l'analyse des données épigénomiques et impliquée dans des programmes d'envergure nationale et internationale. Cet environnement vous permettra de contribuer à des projets porteurs et de vous intégrer à un réseau scientifique actif.
Vous interviendrez dans un contexte où les données génomiques et épigénomiques prennent une place croissante dans les projets de recherche. Votre mission consistera à structurer et développer les compétences en épigénomique au sein de l'équipe SIGENAE, en contribuant directement à l'analyse des données produites sur différentes espèces animales.
Votre rôle permettra d'assurer la mise en place d'outils adaptés, de développer des pipelines robustes et de soutenir les pratiques de science ouverte pour faciliter le partage, la valorisation et la diffusion des données d'analyse. Vous contribuerez également à la veille méthodologique et à l'accompagnement des équipes dans l'utilisation de ces outils.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Développement et mise en oeuvre des pipelines bioinformatiques
- Concevoir, mettre en place et ajuster les pipelines pour l'analyse de la méthylation de l'ADN puis, plus largement, pour les analyses génomiques et épigénomiques
- Évaluer les outils existants pour retenir les solutions les plus adaptées aux besoins des projets
- Développer et partager les pipelines au sein des communautés bioinformatiques nationales et internationales
- Assurer une veille scientifique sur les méthodes et outils innovants.
Analyse et gestion des données
- Contribuer aux analyses bioinformatiques pour les projets des départements de recherche travaillant sur les espèces animales
- Gérer les données brutes et pré-traitées, et assurer leur mise à disposition dans des répertoires publics dédiés
- Faciliter l'accès aux données publiques utiles aux projets
- Appliquer les principes de science ouverte, notamment les principes FAIR.
Appui aux équipes et diffusion des compétences
- Accompagner les chercheurs dans l'utilisation des pipelines développés
- Participer à la formation des membres des unités ainsi que des stagiaires, doctorants et contractuels
- Contribuer à l'intégration de l'équipe dans les réseaux bioinformatiques nationaux et internationaux (ex. CATI, nf-core).

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Une formation de niveau licence en bioinformatique est attendue.
Savoir-faire :
- Connaître les données génomiques et épigénomiques
- Utiliser des outils de gestion de workflow (ex. : Nextflow)
- Gérer des outils de versionning(ex. : GitHub)
- Développer des pipelines et réaliser des analyses bibliographiques d'outils informatiques
- Communiquer en anglais dans un contexte de collaboration scientifique.
Savoir-être :
- Rigueur et sens de l'organisation
- Autonomie
- Goût pour le travail en équipe
- Intérêt pour l'épigénétique, la génétique et la science des données.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.31 Mo
2. Je note le numéro du profil IE26-GA-2
3. Je postule Espace d'inscription