Ingénieur-e biologiste en traitement de données

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité RiverLy du site INRAE de Lyon-Villeurbanne. RiverLy allie des compétences en hydrologie, hydraulique, chimie environnementale, écologie, écotoxicologie et microbiologie pour appréhender la qualité, le fonctionnement et la dynamique des hydrosystèmes.
Vous exercerez votre activité au sein de l'équipe EcoFlowS qui déploie des approches expérimentales (terrain et laboratoire), des approches taxonomiques et génétiques, et des modèles statistiques, à différentes échelles biologiques et spatiales pour répondre aux nombreuses questions de l'écologie appliquée à la gestion et à la restauration des cours d'eau. Ainsi, l'équipe produit et mobilise des données environnementales et surtout biologiques très diversifiées.
Dans un contexte de développement des outils moléculaires dans le domaine de l'écologie et des sciences de la biodiversité élargit considérablement le champ des études et la précision des connaissances. Toutefois, ces nouvelles données représentent un défi considérable pour les équipes de recherche en terme de gestion, de bancarisation , d'accessibilité et interopérabilité avec les autres bases de données disponibles en libre accès (ex : INPN, NCBI, BOLD, Naïades…), et ce d'autant plus pour être en accord avec la politique de science ouverte portée par INRAE et les programmes nationaux de recherche en coordination avec les pôles de données nationaux (IR Data Terra, IR PNDB, Plateforme OneWaterData, Eaufrance). 
Vous serez accueilli-e au sein de l'équipe d'écohydrologie « EcoFlowS » de l'unité RiverLy. Vous serez un élément moteur de la démarche FAIR appliquée aux données écologiques (génétiques et taxonomiques). En collaboration avec les membres d'EcoFlowS, vous aurez à organiser la gestion FAIR des nombreuses données produites et utilisées en définissant l'architecture matérielle et logicielle nécessaire. Vous assurerez la bancarisation, la vérification et la mise à disposition des données. Vous réaliserez et encadrerez des développements et maintenance des logiciels et interfaces correspondant aux besoins. 

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
- Gérer et structurer des données
- Récupérer, bancariser, mettre à jour et vérifier l'intégrité des données biologiques (génétiques, taxonomiques) et environnementales
- Mettre en place et faire évoluer les bases de données existantes, notamment pour les données moléculaires
- Organiser la mise à disposition des données et métadonnées et assurer leur interopérabilité avec des bases de données nationales et internationales
- Développement et administration des outils
- Concevoir, développer ou coordonner le développement d'API et d'interfaces graphiques de saisie, consultation et extraction des données, avec gestion des droits d'accès
- Assurer l'administration, la maintenance et l'évolution des bases de données, des API et des interfaces associées
- Accompagnement scientifique et animation
- Assurer un rôle de référent FAIR pour les données génétiques et taxonomiques au sein de l'équipe et de l'unité
- Accompagner les chercheurs dans la mise en place des plans de gestion de données des projets
- Contribuer à l'animation scientifique autour de la science ouverte et de la gestion des données, y compris dans des collaborations interdisciplinaires

Des participations ponctuelles à des campagnes d'échantillonnage sur le terrain pourront être proposées en complément des missions principales.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire d'une formation de niveau licence minimum en bio-informatique, informatique appliquée aux sciences du vivant, ou dans un domaine connexe en lien avec les données génétiques et taxonomiques.
Une expérience en gestion et exploitation de données biologiques ou environnementales, en administration de bases de données ou en développement d'outils informatiques pour la recherche est souhaitée.

Savoir-faire :
-Administrer et structurer des bases de données scientifiques
-Développer et maintenir des API et des interfaces graphiques de saisie, d'export et de visualisation de données
-Appliquer les principes de gestion FAIR et d'open data
-Comprendre et manipuler des données génétiques et taxonomiques utilisées en écologie et sciences de la biodiversité
-Travailler avec des outils de développement collaboratif

Savoir-être :
-Capacité à dialoguer avec des chercheurs de disciplines variées
-Autonomie et sens de l'initiative
-Rigueur et sens de l'organisation
-Goût pour le travail en équipe et l'animation collective
-Intérêt marqué pour l'écologie et les sciences de la biodiversité

#LI-FG1

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.31 Mo
2. Je note le numéro du profil IE26-AQUA-1
3. Je postule Espace d'inscription