Postdoc OT-6240

La protéomique pour l’identification et la quantification de biomarqueurs dans des organes d’intérêt chez l’amphipode Gamamrus fossarum

69100 Villeurbanne

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l'unité de recherche interdisciplinaire sur les hydrosystèmes « RiverLy , dans l'équipe « Ecotoxicologie »( https://www6.ara.inrae.fr/lyon-riverly-ecotox), dont les locaux sont situés à Villeurbanne. L'équipe est reconnue pour ses travaux dans le domaine de l'écotoxicologie aquatique animale et de la biosurveillance, aussi bien dans la sphère académique (ex : porteur GDR Ecotox Aquatique, 5 ANR sur les 10 dernières années) que dans la sphère opérationnelle (ex : Agences de l'eau, Office Français de la Biodiversité ). Les recherches de l’équipe traitent diverses questions sur 1 - le transfert des contaminants chimiques dans le biote ; 2 – l’évaluation et la compréhension de la toxicité chronique de ces contaminants (perturbation endocrine, effets transgénérationnels) à l’aide d’approches physiologiques, moléculaires (génomique, transcriptomique, protéomique, lipidomique); 3 – l’examen des différences de sensibilité aux contaminants  entre populations et entre espèces (e.g. exposition long terme, adaptation,…) ; 4 – l’évaluation des liens entre pressions chimiques au sein des cours d’eau et impacts écotoxicologiques. Le recours aux approches biomoléculaires est devenu un des socles de ses activités autant pour développer des outils de type biomarqueurs, que pour acquérir de la connaissance sur la physiologie moléculaire de nos espèces d’intérêt afin de caractériser et comprendre la toxicité environnementale et les mécanismes de sensibilité / tolérance.

Les activités du post-doctorant se feront en collaboration étroite avec l’ISA CNRS-Lyon1 (Arnaud Salvador) et le Li2D du CEA de Marcoule (Jean Armangaud).

Contexte scientifique de l’offre : L’offre de post-doc s’inscrit notamment dans le cadre du projet ANR Approve qui a démarré en janvier 2019 et qui est prévu sur 4 ans. Il a pour objectif de définir, via une étude de cas avec 3 métaux (Ag, Cd, Zn), un cadre formel pour le devenir et les effets de contaminants chez une espèce d’invertébré sentinelle, dans le but d'améliorer le suivi de la qualité des milieux. APPROve a deux objectifs principaux: 1) produire des connaissances sur l'accumulation et le devenir des métaux chez Gammarus fossarum et les réponses moléculaires associées au niveau des organes, ceci afin de proposer des biomarqueurs pertinents, 2) améliorer les outils de diagnostic actuellement disponibles chez G. fossarum via l’utilisation de modèles toxicocinétiques/toxicodynamiques prédictifs.

Sur la base d’approches innovantes (protéomique, radio-éléments, modélisation), Approve permettra (i) de développer et calibrer des modèles pour mieux formaliser l'accumulation et le devenir des métaux dans les organismes, (ii) d’améliorer les connaissances en physiologie moléculaire chez une espèce sentinelle, fournissant des données clés sur les organes impliqués dans la toxicité des métaux, (iii) de proposer des valeurs de référence pour de nouveaux biomarqueurs, spécifiques d’un organe d’intérêt et enfin (iv) de montrer l’originalité de coupler les méthodologies proposées pour développer des modèles TKTD et leur utilisation pour construire des outils de diagnostic intégrés (moléculaire et physiologique) pour la surveillance des milieux

Vous serez plus particulièrement en charge :

  • En collaboration avec le CEA Marcoule et sur la base des données obtenues et disponibles sur les cinétiques d’accumulation, le/la candidat(e) aura à caractériser le protéome de chaque organe d’intérêt qui joue un rôle clé dans l’accumulation et l’élimination des métaux.
  • Par protéomique comparative et sur les organes d’intérêt, identifier les protéines modulées suite à une exposition aux métaux ciblés, évaluer leur variation naturelle au regard du genre et du cycle de reproduction, ceci dans le but d’identifier et de proposer de nouveaux biomarqueurs chez G. fossarum.
  • En collaboration avec l’ISA Lyon 1, vous encadrerez le développement d’approches analytiques ciblées pour la quantification des protéines d’intérêt comme biomarqueurs, en supervisant notamment les travaux menés par l’ingénieur d’étude du laboratoire d’écotoxicologie. Ces méthodes analytiques ciblées devront vous permettre ensuite d’étudier et de décrire les liens entre la modulation de ces biomarqueurs et les effets observés sur les traits d’histoire de vie. Ce travail doit venir alimenter les réflexions menées dans le développement de modèles toxico-dynamique dans le projet Approve.
  • Assurer l’application des méthodes analytiques précédemment développées sur organes chez des gammares encagés sur le terrain, ceci pour i) valider les biomarqueurs proposés et ii) définir pour chaque marqueur validé une valeur de référence intégrant sa variabilité naturelle en réponse aux facteurs environnementaux.
  • Enfin, le laboratoire est impliqué dans plusieurs projets sur le développement de biomarqueurs chez le poisson, notamment chez Oryzias latipes et Alosa alosa. Le/la candidat(e) participera aux développement et à la réalisation de ces travaux.

les activités du / de la candidat(e) seront principalement focalisées sur la gestion des questions de recherche associées au projet Approve, visant à identifier et quantifier des biomarqueurs spécifiques d’organes et indicateurs de l’impact des métaux, ceci pour améliorer la surveillance des milieux, notamment à travers l’approche de biosurveillance active. De façon plus spécifique, le/la candidat(e) sera attendu sur i) la gestion, l’archivage et l’analyse des grandes quantités de données acquises en protéomique shotgun, visant à acquérir de la connaissance en physiologie moléculaire au niveau de l’organe chez G. fossarum et en protéomique ciblé pour le développement et la proposition de biomarqueurs spécifiques, et ii) sur la valorisation sous forme de publications scientfiques des travaux menés autour des 5 points identifiés précédemment.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation recommandée : Doctorat en écotoxicologie, science de l’environnement, expérimenté dans l’analyse de données omiques, notamment protéomique, notamment pour des études comparatives et leur utilisation dans la surveillance des milieux.

Connaissances souhaitées : physiologie des invertébrés, protéomiques shotgun et ciblé, biomarqueurs moléculaires, impact des métaux.

Aptitudes recherchées : Rédactionnel/valorisation, Relation d’équipe, Gestion de données et de projets

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Postdoc
  • Durée : 24 mois
  • Début du contrat : 02/01/2021
  • N° de l'offre : OT-6240
  • Date limite : 15/08/2020
Le centre Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes

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