Ingénieur-e en repeuplement et risques de prédation

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe FREEMA (Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Estuariens et Poissons Migrateurs Amphihalins) de l’unité EABX (Ecosystèmes Aquatiques et changements gloBauX). La mission sera réalisée dans le cadre du projet de recherche STURIO en appui au programme national d’actions en faveur de la restauration de l’esturgeon européen Acipenser sturio.

Dans le cadre des programmes de repeuplement plusieurs questions se posent pour améliorer les taux de survie post-lâcher car la mortalité accrue des individus repeuplés comparés aux individus sauvages a été démontrée dans plusieurs études (e.g. Araki et al. 2008 ; Johnsson et al. 2014).

Parmi les facteurs jouant sur la mortalité post-lâcher, la sensibilité à la prédation est mise en avant dans plusieurs études (e.g. Buckmeier et al. 2005 ; Thompson et al. 2016). Dans ce contexte, nous avons réalisé un état des lieux des risques liés aux prédateurs potentiels le long du corridor de dévalaison des juvéniles d’esturgeons européens sur la base d’une analyse de la littérature (Tourneur, 2025). De plus, des captures de silures au niveau des sites de repeuplement de l’esturgeon européen en Dordogne et en Garonne ont été organisée à l’automne 2024 afin de commencer à objectiver la prédation de cette espèce sur les juvéniles. L’analyse directe des contenus stomacaux complétée par celle des fèces via des outils de biologies moléculaires a été choisie pour étudier la prédation (Guillerault et al 2017), notamment la ddPCR (Hou et al. 2023), particulièrement adaptée pour optimiser la détection d’espèces rares (Marques et al. 2024). Cette analyse a permis de mettre en évidence la prédation modérée (env. 30% des individus dont les fèces ont été échantillonnés) de l’espèce grâce à l’analyse moléculaire des fèces, les contenus stomacaux ne révélant pas la présence d’esturgeon européen (Tourneur 2025).

Dans le cadre de ce travail, il s’agit de valoriser les analyses réalisées dans le cadre du master 2 précédent (Tourneur 2025) et de compléter les échantillonnages. Vous aurez pour mission de :

• Finaliser l’analyse des résultats acquis précédemment.
• Participer à la rédaction de l’article scientifique correspondant.
• Participer à des échantillonnages en milieu naturel et au pré-traitement des échantillons.

Ce travail s’inscrit dans le cadre d’une collaboration entre INRAE et le CRBE (Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement : CNRS, Université Toulouse III - Paul Sabatier, Toulouse INP, IRD), AAPPED33, CAPENA et MIGADO. Des déplacements pourront être envisagés dans ce cadre collaboratif.

Références citées :

Araki H., Berejikian B.A., Ford M.J., Blouin M.S. 2008. Fitness of hatchery-reared salmonids in the wild. Evolutionary applications, 1, 342-355.

Buckmeier D.L., Betsill R.K., Schlechte J.W. 2005. Initial Predation of Stocked Fingerling Largemouth Bass in a Texas Reservoir and Implications for Improving Stocking Efficiency. North American Journal of Fisheries Management 25, n^o 2: 652‑59.

Guillerault N., Bouletreau S., Iribar A., Valentini A., Santoul F. 2017. Application of DNA Metabarcoding on Faeces to Identify European Catfish Silurus Glanis Diet. Journal of Fish Biology 90, n^o 5: 2214‑19.

Hou Y., Chen S., Zheng Y., Zheng X., Lin J.-M. 2023. Droplet-Based Digital PCR (ddPCR) and Its Applications. Trac-Trends in analytical chemistry 158: 116897.

Johnsson J.I., Brockmark S., Naeslund J. 2014. Environmental Effects on Behavioural Development Consequences for Fitness of Captive-Reared Fishes in the Wild. Journal of Fish Biology 85, n^o 6: 1946‑71.

Marques V., Loot G., Blanchet S., Miaud C., Planes S., Peyran C., Arnal V., Calvet C., Pioch S., Manel S. 2024. Optimizing Detectability of the Endangered Fan Mussel Using eDNA and ddPCR. Ecology and Evolution 14, n^o 1: e10807.

Thompson B.C., Porak W.F., Leone E.H., Allen M.S. 2016. Using Radiotelemetry to Compare the Initial Behavior and Mortality of Hatchery-Reared and Wild Juvenile Florida Bass. Transactions of the American Fisheries Society 145, n^o 2: 374‑85.

Tourneur J., 2025. Les risques de prédation dans les programmes de repeuplement : cas d’étude sur l’esturgeon européen (Acipenser sturio). Rapport de stage, Inrae UR EABX, M2 AETPF parcours Biologie intégrative et Changements Globaux, université d’Orléans.

Conditions particulières d’activité : Travail de bureau, sorties terrain, analyses en laboratoire éventuelles.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 Biologie intégrative

Connaissances souhaitées :

• Bonne connaissances de l’écologie de l’esturgeon européen.
• Solides compétences dans l’analyse des données moléculaires (ddPCR).

Expérience appréciée : 6 mois d’expérience sur la thématique

Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique, sens critique, esprit de synthèse. Capacité à travailler en autonomie tout en s’intégrant dans une équipe pluridisciplinaire. Aisance dans la rédaction scientifique et technique en anglais. 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation