Ingénieur-e d’études en expérimentation et analyses microscopiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche « Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne » (UMR 1287 EGFV), basée à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), près de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble une équipe de recherche pluridisciplinaire spécialisée en écophysiologie, physiologie végétale, biologie moléculaire et génétique. Ses recherches portent sur la compréhension du fonctionnement des vignes greffées et des déterminants de la qualité des baies de raisin dans le contexte du changement climatiques, afin d’identifier des solutions d’adaptation. L'unité offre un environnement scientifique et technique exceptionnel, intégrant des chercheurs de l'INRAE, des enseignants et des étudiants de l'Université de Bordeaux et de Bordeaux Sciences Agro.

Nous recherchons un.e ingénieur.e très motivé.e pour contribuer au projet mis en place dans le cadre de la Chaire « Olivier de Serres », dont les objectifs sont d’étudier les impacts du changement climatique et les leviers d’adaptation en interactions étroites avec des acteurs professionnels de 1^er rang.

Le ou la candidat.e retenu.e participera à l’action qui consistera à caractériser les traits anatomiques racinaires et à la modélisation des combinaisons de traits qui permettent à la vigne de tolérer la sécheresse. L’objectif final est d’identifier des caractéristiques anatomiques pour concevoir des idéotypes d’anatomie racinaire à cibler dans les programmes d’innovation variétale porte-greffe conduits à l’UMR EGFV. Pour cela, la diversité génétique des traits anatomiques impliqués dans la tolérance à la sécheresse sera évaluée dans un panel de ressources génétiques intéressantes pour le programme d’innovation variétale.

Vos responsabilités seront les suivantes :

• Travail expérimental : caractérisation et phénotypage de l’anatomie racinaire sur des coupes transversales de racines de porte-greffes de vigne. Des procédures de coloration spécifiques seront mises en œuvre pour différentier les tissus et les structures. Les échantillons seront observés au microscope à fluorescence.
• Modélisation des propriétés hydrauliques (conductance radiale et axiale) des racines. Elles seront simulées en prenant en compte les caractères anatomiques à partir de différents modèles (GRANAR et MECHA, Heymans et al., 2021). Pour cela, des données déjà acquises au sein de EGFV et issues de la littérature scientifique seront utilisées.
• Analyse des images issues de la microscopie, obtenues par différentes techniques pour estimer les traits anatomiques à partir de sections longitudinales, des coupes transversales et des reconstructions 3D. Des approches de machine learning pour la segmentation des images seront mises en œuvre.
• Valorisation scientifique des résultats méthodologiques et des connaissances acquises : communications dans des conférences, publications et rapports.

Conditions particulières d’activité : travail au laboratoire et en serre/vignoble

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master/diplôme d'ingénieur en biologie végétale, agronomie, physiologie végétale ou génétique.
• Connaissances souhaitées: Techniques de microscopie, outils de modélisation et analyse d’images. Expérience du travail sur les racines des plantes, y compris l’échantillonnage et la préparation des coupes. Une expérience en Intelligence Artificielle (machine learning ou autre) pour la classification d’images sera un plus important. Compétences en traitement des données et manipulation du logiciel R et du langage Python.
• Aptitudes recherchées: Aptitude à travailler de manière indépendante au laboratoire et de coordonner la mise en œuvre de protocoles expérimentaux. Aptitudes à la rédaction scientifique.

 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation