Ingénieur·e d’étude développement d’application

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’objectif du groupe de travail IS5 du projet MuDiS4LS, est de proposer des bonnes pratiques (description des échantillons, métadonnées et ontologies) et un cadre opérationnel (flux de données, stockage, diffusion et archivage) pour améliorer l’échange de données génétiques et multi-omiques agricoles en implémentant un cas d’étude particulier autour de l’holobionte. L’holobionte définit dynamiquement un organisme hôte végétal ou animal et son microbiote, en fonction notamment de contraintes environnementales. Plusieurs équipes partenaires de l’Institut Français de Bioinformatique développent des projets ayant pour objectif de caractériser un holobionte. Ces projets ont en commun de produire des données massives permettant de décrire précisément un environnement (données géographiques, climatiques, observations, enquêtes, ...), l’organisme d’intérêt (phénotypes, analyses biochimique, transcriptomiques ou métabolomiques,...), et un microbiote (abondances bactériennes ou fongiques obtenues par analyse métagénomique par amplicon, génome assemblés et annotés,...).
Dans ce cadre, un modèle de données permettant de décrire précisément les communautés microbiennes (incluant la taxonomie et les abondances) associées à des parcelles agricoles caractérisées (type de culture, rendement, pratiques agricoles, relevés de bioagresseurs et adventices, …) a déjà été implémenté et alimenté avec des données du projet PEPR Cultiver et protéger autrement Deep Impact.
Nous recherchons un ingénieur pour une durée d’environ 15 mois, pour (i) valider le modèle et faciliter son alimentation, la soumission des données vers des entrepôts généralistes (notamment ENA et Recherche-Data-Gouv), et son interrogation par des experts (extraction de sous-jeux de données, statistiques et production de graphiques), (ii) étendre le modèle afin de caractériser des communautés bactériennes d’animaux d’élevage (iii) produire et diffuser, à partir des enseignements tirés de ces cas d’étude, des protocoles décrivant les bonnes-pratiques et les standards de données (format de fichiers, méta-données et ontologies) pour le traitement et la gestion de données microbiennes dans un contexte d’holobiontes.

L’ingénieur·e sera localisé·e à l’IGEPP (INRAE Rennes) ou sur la plateforme Migale (INRAE Jouy-en-Josas), au sein d’une équipe de bioinformaticiens et sera en contact régulier avec des experts ayant produit les données ou souhaitant les analyser.

Formations et compétences recherchées

Compétences souhaitées :
● Bonne connaissance de la génomique et de la métagénomique
● Connaissance des bases de données “graphe” (RDF ou Neo4J)
● Utilisation de Framework JavaScript pour le développement d’interfaces (Django, flask, Vue.js, ...)
● maîtrise de l’environnement Unix/Linux
● Pratique courante d’un langage de programmation (Python, R,...)
● Connaissance des pratiques FAIR (ontologies, standards de métadonnées)

Capacités personnelles:
● Diplôme minimum souhaité : M2 info ou bio-informatique
● Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation
● Envie de travailler en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation