CDD ingénieur d’étude (IE) en écodynamique des antibiotiques dans les sols agricoles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au centre INRAE de Versailles-Saclay dans l’UMR ECOSYS Ecologie Fonctionnelle et Ecotoxicologie des Agroécosystèmes, INRAE-AgroParisTech-Université Paris-Saclay (Palaiseau) https://ecosys.versailles-saclay.hub.inrae.fr/nos-equipes/sol-tox

• Sujet : Comprendre les processus de dissipation et déterminer la biodisponibilité des antibiotiques.
• Contexte et objectifs : Les eaux usées municipales traitées peuvent contenir des résidus d'antibiotiques et des bactéries résistantes aux antibiotiques qui tous deux peuvent être transférés sur les cultures vivrières. En outre, dans certains cas, on ne sait pas si les concentrations d'antibiotiques dans les sols irriguées avec des eaux usées sont suffisamment élevées pour que des bactéries environnementales résistantes aux antibiotiques soient sélectionnées. Ainsi, des recherches sont nécessaires pour comprendre l'impact de l’irrigation des cultures avec des eaux usées sur l’évolution du réservoir de résistance aux antimicrobiens dans les environnements de production agricole, le risque potentiel de transmission ultérieure à l'homme via des aliments à base de plantes cultivées et le besoin de preuves pour éclairer les stratégies de gestion des risques.

Le projet METHA « Managing Environmental Hotspots and Transmission of AMR in a “One Health” perspective » a pour objectif principal de comprendre les conditions de transfert des gènes de résistance aux antibiotiques dans des cultures maraichères irriguées avec des eaux usées récupérées et d’évaluer le risque de transfert de gènes antibiotiques des bactéries consommées dans le microbiome intestinal humain. En parallèle, on recherchera à caractériser les concentrations d'antibiotiques transportés dans le sol avec des biosolides ou du fumier sans effet sur l’écosystème et sur l’émergence de nouvelles formes de résistances dans les sols.

L’objectif de ce CDD est d’évaluer l’impact des propriétés biotiques et abiotiques des sols sur les concentrations sans effet. Il s’agira de construire les formalismes ad hoc pour estimer les facteurs de devenir (FF) et d’exposition (ACF et BF)1 de USEtox pour différentes classes de CTO. Pour ce faire une analyse critique de la littérature sur le sujet est prévue afin de mettre en place ensuite des expérimentations visant à tester les formalismes sur une gamme de sols ayant des propriétés variées. Ce travail s’inscrit dans le projet Mehta coordonné par Ed Topp (UMR Agroécologie, Dijon) financé par le PPR Antibiorésistance de l’INSERM (ANR PAMR 0009).

• Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. Réaliser une analyse bibliographique approfondie sur les processus biophysiques affectant le devenir, la disponibilité et la biodisponibilité des CTO dans le sol et les formalismes associés à ces processus pour construire un modèle d'exposition des CTO en ACV
   1. Rassembler des données existantes sur différents types de sol sur les processus de dissipation et la biodisponibilité de CTO sélectionnés comme représentatifs de différentes classes comportementales en utilisant l’approche Typol2.
   2. A partir des formalismes identifiés dans la littérature et de leur confrontation aux résultats expérimentaux, proposer différentes équations pour estimer les facteurs de devenir et d’exposition (disponibilité et biodisponibilité).

Des séjours courts à INRAE-AgroEcologie Dijon sont prévus pour discuter des résultats obtenus sur les NOEC et la biodégradation des antibiotiques.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master/diplôme d’ingénieur en agronomie ou sciences de l’environnement avec des connaissances en traitement statistique de données et en chimie analytique.
• Connaissances souhaitées : en science du sol et chimie appliquée à l’environnement, en analyse statistique de données (R, Statistica, Excel stat, …).
• Aptitudes recherchées : travail en équipe, esprit de synthèse et rédaction scientifique

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation