Thèse en Bioinformatique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La coévolution entre les plantes et les microbes est une discipline passionnante et prometteuse pour comprendre et exploiter les interactions positives dans une perspective de réduction des pesticides en agriculture. Ce programme de doctorat s’inscrit dans le cadre du projet HoloE2Plant, qui vise à valider le concept d'holobionte en étudiant l’évolution simultanée de l’hôte et de son microbiome. Au cours de la thèse, le/la doctorant/e analysera des génomes bactériens, fongiques et de plantes afin (i) de produire des génomes de référence de haute qualité, (ii) d’identifier les variations génomiques entre les populations microbiennes parentales et évoluées, (iii) d'identifier les variations de fréquences alléliques chez les plantes entre les lignées parentales et évoluées, et (iv) d’exploiter les données de métabarcoding issues d’un essai d’évolution expérimentale. La personne sera recrutée au LIPME au sein de l’équipe ECOGEN (https://www.lipme.fr/en/ecogen-1), dont l’objectif principal est de comprendre et prédire les interactions biotiques avec les plantes dans le contexte des changements globaux. Le/la doctorante bénéficiera également d’une co-direction assurée par Fabrice Legeai (IGEPP (équipe EGI) / IRISA (équipe Genscale) à Rennes.

 

Ce poste de doctorat s’inscrit dans le cadre du projet HoloE2Plant – Exploring the Holobiont Concept through Plant Experimental Evolution – coordonné par Claudia Bartoli à l’INRAE de Toulouse (France).

 Ce poste est entièrement financé par le European Research Council (ERC) et ne nécessite pas de participer à un concours de l’École Doctorale.

 La personne retenue contribuera à l’étude de la coévolution entre des plantes de Brassica rapa à cycle court et des communautés microbiennes synthétiques, assemblées artificiellement en laboratoire. 

Dans un premier temps, le ou la doctorant/e générera des génomes de référence de haute qualité pour les communautés microbiennes (bactéries et champignons) ainsi que pour les populations parentales de plantes. Grâce à une expérience de coévolution innovante, des populations microbiennes et de plantes évoluées seront produites. Le ou la doctorant/e analysera ces populations évoluées en les comparant aux lignées parentales respectives. Pour les génomes microbiens, vous allez étudier les variations génomiques ponctuelles et structurelles. Pour les plantes évoluées, les lectures de séquençage seront alignées sur le génome de référence de B. rapa, et les variations de fréquences alléliques entre les populations évoluées et parentales seront évaluées. L’objectif est de déterminer si les communautés microbiennes influencent l’évolution des plantes à l’échelle génomique. Les variations génomiques microbiennes seront corrélées aux fréquences alléliques des plantes grâce à des analyses de type GWAS (Genome-Wide Association Studies) afin d’identifier d’éventuelles signatures de coévolution ou de coadaptation microbe–plante. 

Vous participerez également à l’analyse de données de métabarcoding (marqueurs bactériens et fongiques) générées tout au long de l’expérience de coévolution. Ces jeux de données seront produits par une autre doctorante déjà recrutée dans le cadre du projet. Une collaboration étroite et des interactions régulières entre les deux doctorants seront donc indispensables. 

En raison de la collaboration étroite avec Fabrice Legeai (IGEPP (équipe EGI) / IRISA (équipe Genscale)), le poste nécessite une mobilité entre Toulouse et Rennes. Vous serez ainsi encadré conjointement par l’équipe ECOGEN à l’INRAE de Toulouse (https://www.lipme.fr/en/ecogen-1) et Fabrice Legeai à Rennes.

 Nous recherchons des candidats ayant un excellent niveau académique, titulaires d’un Master (Bac+5 ou équivalent selon les critères du NARIC) en bioinformatique. La personne idéale devra démontrer :  i) Une solide expérience dans l’utilisation d’outils de bioinformatique pour l’analyse de génomes bactériens, fongiques et végétaux ; ii) De bonnes compétences en statistiques et en programmation, notamment en R ou Python (obligatoire) ; iii) Une bonne maîtrise de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral, avec une capacité démontrée en rédaction et communication scientifiques ; iv) Une capacité avérée à travailler en équipe. Pour postuler, veuillez envoyer votre CV, une lettre de motivation et votre relevé de notes de Master. Seules les candidatures complètes seront examinées.

Des compétences solides en bio-informatique et en programmation Python et R sont obligatoires.

 Des compétences en génomique des populations et évolution sont requises.

Formations et compétences recherchées

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation