Ingénieur-e d’études en biologie moléculaire (uridylation des ARN viraux)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité de recherche SVQV (UMR-1131 - Santé de la Vigne et Qualité du Vin) associe des scientifiques et des techniciens de l'INRAE de Colmar et de l'Université de Strasbourg. L'objectif principal de l'UMR SVQV est d’étudier les interactions entre la vigne et ses agents pathogènes fongiques et viraux - y compris les vecteurs de virus - afin de développer des solutions innovantes pour une viticulture plus respectueuse de l'environnement dans le contexte du réchauffement climatique. L'équipe ‘Virologie Vection’ se concentre plus spécifiquement sur (i) le développement de stratégies de résistance vis-à-vis du virus responsable de la maladie du court-noué (Grapevine fanleaf virus, GFLV) et (ii) sur l'identification des facteurs impliqués dans la transmission du virus par différents vecteurs. 

Afin de connaitre le niveau d’urilylation des ARN viraux et notamment ceux du GFLV, l’équipe ‘Virologie Vection’ réalise des travaux avec l’équipe ‘dégradation des ARN’ de l’IBMP (https://www.ibmp.cnrs.fr/equipes/degradation-des-arn/), Institut de biologie moléculaire des plantes du CNRS, qui constitue un pôle incontournable en matière de recherche et d’enseignement en biologie végétale.

C’est au sein de l’équipe ‘dégradation des ARN’ de l’IBMP à Strasbourg que vous serez accueilli.

Cette offre de poste s’inscrit dans la poursuite des travaux de recherche menés par l’équipe ‘Dégradation des ARN’ de l’IBMP de Strasbourg et l’équipe ‘Virologie Vection’ d’INRAE Colmar sur l’étude de l’uridylation des ARN viraux (https://academic.oup.com/plphys/article/193/1/271/7161382). Au sein de l’équipe de l’IBMP à Strasbourg, dans l’objectif d’étudier l’impact de l’uridylation du GFLV sur la pathogénicité virale et sur les défenses de l’hôte, vous serez amené.e à : i) extraire des ARN totaux à partir d’échantillons de plantes infectées par le GFLV; ii) préparer des librairies NGS ; iii) traiter les données de séquençage et iv) analyser, synthétiser et mettre en forme les résultats.  

Le GFLV est une menace majeure pour la viticulture mondiale. Présent dans le monde entier et touchant les 2/3 du vignoble français, il peut causer jusqu'à 80% de pertes de rendement. La prémunition, une stratégie de biocontrôle, pourrait potentiellement être utilisée pour diminuer l’impact de ce virus au vignoble. Cette méthode repose sur l’inoculation d’une plante avec un variant viral peu agressif (hypo-agressif) afin de protéger d’une infection secondaire (ou surinfection) par un ou plusieurs variants agressifs du même virus. Afin de développer la prémunition de façon efficace et durable contre le GFLV, nous nous intéressons à la caractérisation de la diversité génétique des populations de GFLV et aux mécanismes à l’origine des symptômes.
Nous avons récemment découvert que les extrémités des ARN génomiques du GFLV présentent la particularité d’être en grande majorité mono-uridylés. Nous explorons maintenant les conséquences de l’uridylation du GFLV sur l’infection et sur le développement de symptômes avec entre autres la fine caractérisation de variants hypo et hyper-agressifs.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : MASTER en virologie
• Connaissances et compétences souhaitées : biologie moléculaire : extraction acides nucléiques, préparation de librairies NGS, bioinformatique.
• Aptitudes recherchées : rigueur, précision, autonomie, motivation, bonnes capacités relationnelles.
   

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation