Ingénieur-e d’études sur les flux de travail pour les indicateurs génétiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

◼ Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR Biogeco, Biodiversité des gènes aux communautés, une unité mixte de recherches sous tutelle d’INRAE et de l’Universtié de Bordeaux, sur le site “Domaine de l’Hermitage” au 69 route d’Arcachon à Cestas, France. Biogeco compte environ 120 membres du personnel, dont 75 permanents, ainsi que de nombreux étudiants, postdocs, collaborateurs et visiteurs. Ses recherches portent principalement sur la biodiversité, le fonctionnement, l'évolution, l'adaptation, la conservation et la restauration des écosystèmes, principalement les forêts, mais aussi d'autres écosystèmes naturels et anthropisés. Vous pouvez découvrir une présentation de l'unité dans une courte vidéo.

FR https://www.youtube.com/watch?v=HAyN9MM32dI

EN https://www.youtube.com/watch?v=q5TC9HuHvtI

◼ Votre contrat est financé par le projet Biodiversa+ GINAMO, Genetic Indicators for Nature Monitoring, dont l'objectif principal est de faciliter la mise en œuvre du Cadre mondial pour la biodiversité de la Convention sur la diversité biologique (CDB) en améliorant le calcul, l'opérationnalisation et l'intégration des indicateurs génétiques.

Vous travaillerez dans le cadre du work package WP5 de GINAMO, qui se concentre sur la gestion des données et la mise en œuvre de flux de travail conviviaux pour le calcul des indicateurs génétiques adoptés par la CDB à l'intention des utilisateurs finaux. Vous serez accueilli par Myriam Heuertz et ses collègues de Biogeco et travaillerez en étroite collaboration avec le PNDB (Pôle National Données Biodiversité) et le GBIF France (Yvan Le Bras et Anne-Sophie Archambeau), et communiquerez avec un grand groupe international de membres du projet et de parties prenantes pour les tâches spécifiques suivantes :

• Contribuer à la gestion des données du projet
• Participer aux réunions du projet et assurer la liaison avec les membres du projet, en discutant des recommandations de meilleures pratiques pour le calcul des indicateurs génétiques et, plus généralement, des variables essentielles de biodiversité (EBV)
• Développer des flux de travail standardisés pour les indicateurs génétiques et les EBV à partir de données ADN, sur la base des recommandations de meilleures pratiques du WP2, en s'appuyant sur le projet pilote EBVOSC, comprenant l'intégration des données et l'opérationnalisation des flux de travail
• Développer des flux de travail standardisés pour les indicateurs génétiques à partir de données proxy, sur la base des recommandations de meilleures pratiques du WP3 (données proxys tels que les données de distribution, les données de densité, les tailles de recensement...), et du WP4 (proxys dérivés des données d'observation de la Terre, etc. ), en s’appuyant sur le projet pilote EBVOSC, comprenant l'intégration des données et l'opérationnalisation du flux de travail
  • L'opérationnalisation du flux de travail consistera en la customisation des scripts, la gestion, l'archivage et le partage du code source, l'exécution interactive conviviale et reproductible du code, et le formatage des résultats et des visualisations pour la publication, conformément au réseau de catalogues de données DataOne
• Développer des fonctionnalités pour des rapports personnalisables afin de répondre aux besoins des parties prenantes en matière de rapports sur les indicateurs génétiques
• Contribuer au rapportage, à la publication et à la valorisation des résultats du projet.

Conditions particulières d’activité : Vous serez amené(e) à voyager occasionnellement, pour les réunions du projet et pour faciliter la coopération avec le PNDB et le GBIF.

Formations et compétences recherchées

◼ Formation recommandée : Master en bio-informatique avec expérience en génétique de la conservation, ou similaire.

◼ Connaissances souhaitées :

• Connaissance de l'environnement de ligne de commande Linux,
• Maîtrise de R et de Python,
• Connaissance des plateformes de développement de logiciels telles que GitHub/GitLab,
• Connaissance de l'application des principes FAIR aux flux de travail informatiques
• Bonne connaissance opérationnelle de l'anglais (au moins niveau B2)
• Expérience en analyse de données de génomique des populations et/ou de l'estimation d'indicateurs génétiques.

◼ Expérience appréciée :

• Expérience de l'environnement Galaxy et des meilleures pratiques d'intégration d'outils, en particulier à l'aide de Planemo,
• Expérience des plans de gestion des données, du standard de métadonnées EML (ecological metadata language), de la norme DarwinCore,
• Intérêt pour la biologie de la conservation appliquée et expérience dans le traitement des données
• Expérience des variables essentielles de la biodiversité,
• L’intérêt pour la création de matériel de formation serait un grand plus,
• L'intérêt pour la participation à des activités de formation serait également un plus,
• Connaissance de la langue française.

◼ Aptitudes recherchées : capacité à communiquer clairement avec un grand groupe international et dynamique de membres du projet, aptitude au travail en équipe, aptitudes à la présentation

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation