Ingénieur-e en développement d’outils pour intégrer des génotypages de triploïdes pour la sélection en aquaculture

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GABI sur le site INRAE de Jouy-en-Josas (78), 20 km au sud-ouest de Paris, dans l’équipe GUPPIE ‘Génétiques Utiles Pour les Poissons et les Insectes en agro-Ecologie’ qui développe des travaux concernant l’amélioration génétique des espèces aquacoles et apicoles. Votre mission s’inscrira dans le cadre plus large du projet ‘HyperSelect’ porté par le SYSAAF (Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français) et financé par le FEAMPA.

Le projet HyperSelect propose d’étudier les solutions que pourrait apporter la sélection génétique pour adapter les cheptels de truite arc-en-ciel à des conditions hyperthermiques chroniques susceptibles de se répéter avec le changement climatique en cours. La filière française s’est orientée de manière importante vers l’élevage de truites triploïdes (3 jeux de chromosomes homologues au lieu des 2 jeux usuels) pour produire de la grande truite (filets frais et fumés) et répondre ainsi au marché en France et à l’export. Toutefois, jusqu’à présent, la sélection génétique se réalise sur des lignées diploïdes et nous ne savons pas si les lignées triploïdes bénéficient entièrement de cette sélection génétique. Ceci est particulièrement important dans le cadre du réchauffement climatique qui affecte les élevages. Il est donc aujourd’hui essentiel de disposer d’une truite robuste, permettant l’adaptation de la filière truiticole au réchauffement climatique. L’objectif du projet est donc d’étudier les leviers qui permettront le développement d’une sélection génétique efficace pour améliorer la robustesse des truites, notamment en étudiant l’impact de la triploïdie pour proposer des améliorations aux schémas de sélection déjà mis en place pour les truites diploïdes.

Peu d'outils sont disponibles pour l'utilisation de données triploïdes en sélection. Les travaux conduits dans un projet antérieur porté par INRAE ont permis de développer un logiciel de clustering pour le génotypage des individus triploïdes et d’améliorer le logiciel d’assignation de parenté APIS pour assigner les descendants triploïdes à leurs parents diploïdes. Cette amélioration permet d’effectuer une sélection sur pedigree pour choisir les meilleures familles pour leurs performances en triploïdie. Le projet HyperSelect propose maintenant de travailler sur l'amélioration et/ou création d’outils pour proposer une évaluation génomique incluant des données d’individus triploïdes. Récemment diverses approches sont parues dans la littérature pour construire des matrices de parenté génomique pour des individus polyploïdes.

Vos travaux viseront donc dans un premier temps à explorer les différentes approches proposées et définir la méthode la plus appropriée pour exploiter simultanément des génotypes diploïdes et triploïdes. Si besoin, vous proposerez une nouvelle approche méthodologique plus pertinente pour une telle évaluation génomique. Dans un second temps, il sera utile d’évaluer la possibilité d’imputer des génotypes triploïdes de faible densité (~1000 marqueurs bi-alléliques) à forte densité (~30 000 marqueurs) à partir de populations de référence diploïde. Des approches de machine learning seront potentiellement étudiées. Les travaux s’effectueront en collaboration étroite avec l’équipe du SYSAAF (Rennes) impliquée dans le projet. 

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Mathématiques Appliquées ou Génétique Quantitative ou Génétique Statistique,
• Connaissances souhaitées : programmation R, awk, bash,
• Expérience appréciée : gestion et analyse de données de génotypage,
• Aptitudes recherchées :  bonne aptitude à travailler en équipe ; maîtrise de l’anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation