Doctorat : Étude de la propagation de la résistance aux antibiotiques chez les Escherichia coli d’origine animale par une approche phylodynamique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte :

La résistance aux antibiotiques constitue un enjeu majeur de santé publique à l’échelle mondiale. Les études phylogénétiques basées sur des données génomiques sont de plus en plus utilisées pour étudier la diversité des bactéries résistantes aux antibiotiques. Toutefois, ces études fournissent souvent peu d’informations sur la dynamique épidémique des lignées résistantes, ainsi que sur les processus de gain et de perte des gènes de résistance et leurs interactions. La phylodynamique, qui combine diversité génétique et épidémiologie, émerge comme un outil prometteur pour mieux comprendre ces dynamiques en lien avec l’usage des antibiotiques et l’écologie des bactéries.

Objectifs scientifiques :

L’objectif de ce projet de thèse universitaire est d’appliquer une approche phylodynamique pour étudier l’évolution et la dynamique épidémique de lignées d’Escherichia coli isolées de bovins en France, résistantes aux céphalosporines de troisième et quatrième générations, c’est-à-dire productrices de beta-lactamases à spectre étendu (BLSE) ou de céphalosporinase de haut niveau (AmpC). Cela impliquera : (i) l’étude de la diversité clonale d’au moins 1000 souches d’E. coli nouvellement séquencées issues du réseau de surveillance Résapath (https://resapath.anses.fr) ; (ii) la caractérisation de la distribution des gènes de résistance impliqués et des taux de transfert des gènes de résistance; (iii) la compréhension de la dynamique épidémique des principaux clones d’E. coli séquencés, ainsi que l’identification des facteurs de risque associés, en utilisant des méthodes phylodynamiques. Plus généralement, ce projet de thèse contribuera à l’intégration d’approches basées sur la génomique pour enrichir les modèles épidémiologiques développés dans le cadre d’une approche globale de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les animaux.

Questions de recherche principales :

1. Quelle est la diversité des E. coli BLSE/AmpC isolées de bovins en France ? Est-elle structurée et évolue-t-elle ?
2. Quelles sont les dynamiques épidémiques de certaines lignées majoritaires d’E. coli BLSE/AmpC isolées de bovins en France ? Quels sont les facteurs impactant ces dynamiques (usages antibiotiques, hôtes, territoires, etc.) ?

Comment se disséminent les gènes de résistance ? Quel est le coût ou le bénéfice (en termes de fitness) de l’antibiorésistance sur les lignées d’E. coli ?

La thèse se déroulera sur deux sites, la première année à l’unité antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB) du laboratoire ANSES de Lyon puis se poursuivra à l’UMR EPIA au Centre INRAE Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes situé à côté de Clermont-Ferrand. 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : master 2 (ou équivalent) en bio-informatique, en microbiologie, en écologie/évolution

Connaissances souhaitées : bio-informatique, génomique évolutive, génétique des populations, biologie moléculaire

Expérience appréciée : analyse moléculaire de jeux de données de séquences, programmation (Unix, R, Python)

Aptitudes recherchées : Compétences organisationnelles et de communication écrite et orale, notamment en anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

 

Le site de Theix est desservi par deux navettes dédiées aux agents INRAE qui relient le site à l'agglomération clermontoise, matin et soir, ainsi qu’une ligne de transport à la demande, il est également équipé de stationnements et de services dédiés à la pratique du vélo.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation