Master bioinformatique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'équipe ECP de l'UMR Agroécologie travaille sur la génomique et la génétique des légumineuses à graines (Pois, Lentille, Féverole) pour répondre à des questions en lien avec les transitions agroécologique et alimentaire. Les génomes des espèces cibles sont de grandes tailles (~4,3 Gb pour le pois et la lentille et 13,5 Gb pour la féverole) et possèdent une grande complexité en éléments transposables. Le génome du pois a été séquencé via un consortium mené par l’équipe ECP en 2019 (Kreplak et al. 2019) et l’assemblage a été depuis amélioré prenant en compte les nouvelles technologies sur le marché (Kreplak et al. 2025). L’équipe a été également impliquée dans les efforts de séquençage du génome de référence de féverole (Jayakodi et al. 2023). Pour permettre de mieux se saisir de la variabilité génétique existante, il semble aujourd’hui intéressant de travailler sur de multiples génomes par espèce.
L'équipe dispose actuellement de dizaines d’assemblages de haute-qualité chez le pois produits par un consortium international ainsi que des données transcriptomiques associées. Des premières analyses ont confirmé la présence de translocations ainsi que des différences de taille notables entre certains génomes qui seraient principalement dues à des éléments transposables (Macas et al. 2015). Ces derniers, par leur insertion dans des contextes géniques, peuvent induire de nouveaux phénotypes comme par exemple dans le cas des traits étudiés auparavant par Mendel (Feng et al. 2025)

Mission (s) de l’apprenti ingénieur M2 dans ce contexte :
Durant ce stage, vous prendrez en main et caractériserez les données génomiques disponibles pour des accessions de pois cultivées et sauvages pour mieux comprendre l’évolution de la structure et de la taille de génome chez cette espèce.
Vous vous appuierez pour cela sur les expertises disponibles à INRAE et particulièrement à travers de projets de recherche comme le PEPR AgroDiv (Genomic and functional characterization of domestic plant and animal genetic diversity as a keystone for agroecology: linking genome to phenome) et vous interagirez avec les collègues généticiens/génomiciens de l’équipe d’accueil et des équipes associées.
Pour comprendre la dynamique de ces génomes, vous vous appuierez sur deux approches complémentaires.
Dans un premier temps, vous vous concentrerez sur des méthodes de synténie et de graphes de gènes pour mieux comprendre les différences de structure (distances entre les gènes, tailles des introns…) et les grands réarrangements (translocations, inversions …).  
Ensuite, vous caractérisez plus finement ces différences grâce à la comparaison des contenus en éléments transposables. Vous vous baserez sur des outils existants comme pan REPET pour caractériser les insertions d’éléments transposables et comprendre leurs implications dans les différences de taille de génomes. Des focus sur des régions géniques/gènes en particulier seront réalisés à la lumière des données disponibles, y compris dans la littérature scientifique.

Dans le cadre de cette alternance, les développements seront réalisés en python et R. Les pipelines seront réalisés à l’aide de nextflow.

Formations et compétences recherchées

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation