Master 2 Bioinformatique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'alternant(e) évoluera à l’INRAE de Jouy en Josas au sein de l’institut Micalis qui s'illustre dans le développement de recherches novatrices sur la Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé et plus précisément dans l’équipe Food Microbial Ecology (FME) dirigée par Marie-Christine Champomier-Vergès.
La thématique que mène notre équipe vise à comprendre les règles qui gouvernent les écosystèmes alimentaires afin d’en améliorer la qualité, la sécurité et la conservation que ce soit à travers des procédés fermentaires ou de bio-préservation. 
Nous étudions en particulier sur les écosystèmes laitiers, carnés ainsi que les légumes fermentés. Dans le cadre de nos projets, nous développons des consortia synthétiques de micro-organismes afin de comprendre les synergies existantes entre différents micro-organismes de ces écosystèmes et d’élucider notamment leur impact sur la santé, sur la fermentation ou la bio-préservation. 
L'objectif de ce poste est de faire évoluer notre Système d'Information Food2Gut et sa base de données multi-omiques pour intégrer des données de transcriptomique et de fermentation. Ce Système d'information permet d'étudier les interactions microbiennes au sein des microbiomes alimentaires et intestinaux. Il s'agit de mobiliser des compétences précises en conception et en développement d’applications informatiques (UML, Python, Bash) et en intégration de données biologiques de natures hétérogènes (ETL) mais aussi en bio-analyse (Python/R).
La personne recrutée évoluera au sein d'une équipe (FME) composée de 7 agents titulaires et experte dans l'étude des écosystèmes microbiens alimentaires par des approches multi-omiques (métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, génomique comparative) impliquant la bioinformatique et la biostatistique. L'alternant(e) sera encadré par un ingénieur de recherche expérimenté en bioinformatique et des chercheurs reconnus en écologie microbienne . Il/elle pourra ainsi bénéficier d'un environnement propice à la mise en place d'un réseau professionnel solide  grâce aux nombreuses collaborations scientifiques et académiques.  En outre, il/elle aura à sa disposition un poste de travail récent et performant et aura accès aux capacités de stockage de l'institut ainsi qu'aux serveurs de calcul de la plateforme Migale.
 

Formations et compétences recherchées

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation