Data manager en curation et intégration de données hétérogènes

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez au sein de l'Unité Mixte de Recherche (UMR) BioForA (« Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt »), sur le centre INRAE Val de Loire d’Orléans. Cette unité travaille sur la valorisation des ressources génétiques forestières pour une production durable de bois dans un contexte climatique changeant. L’objectif des recherches est d’élucider la complexité des réponses des arbres (en termes de qualité de bois, croissance, reproduction ou développement des racines) à des variations de l'environnement et leur relation avec les aspects de production de bois. Pour ce faire l’Unité développe différentes approches en physiologie et génomique fonctionnelle, en génétique quantitative et des populations, en méthodologie de la sélection et de conservation. La gestion et le partage des données acquises au cours de ces recherches constitue un enjeu majeur pour l’Unité et la communauté scientifique.

Vous contribuez à répondre à cet enjeu en participant à la curation des données et à leur intégration dans les systèmes d'information locaux et nationaux. Ces données sont de diverses natures : caractérisation phénotypique quantitative et qualitative des arbres, séries temporelles ou des données longitudinales individuelles (par exemple, cernes de croissances mesurés sur carottes de bois), données de génotypage moléculaire. La curation des données comprendra l'harmonisation des vocabulaires contrôlés utilisés basée sur des référentiels (par exemple taxonomie, nomenclature des variables), la vérification des métadonnées, la vérification de la cohérence des données de base et le formatage des données dans des formats standards. L'objectif in fine sera d'intégrer les données curées dans les systèmes d'information positionnés au niveau de l’Unité et au niveau national INRAE. Vous contribuerez au développement de codes de traitement automatisé pour réaliser les tâches de vérification et de curation. L'ensemble du processus de traitement des données se fera dans un cadre méthodologique reproductible, versionné et traçable à chaque étape. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les scientifiques à l'origine de ces données, avec notre bio-informaticien et les responsables des Systèmes d’information pour tous les aspects concernant le traitement informatique automatisé et la reproductibilité des protocoles.

Travail à Orléans (45, Loiret), principalement en postes informatiques. Accès facile au laboratoire par les transports en commun (tramway et bus).

Formations et compétences recherchées

•             Licence scientifique ou technique en relation avec la biologie ou l’informatique

•             Autres connaissances souhaitables : bases de données, programmation en R, language informatique de type script (bash, Python), outils de versionnement de code (ex. git)

•             Maîtrise de l'anglais écrit

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation