Doctorat : Modélisation de la transmission des virus influenza aviaire le long des réseaux de production et de distribution de volailles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'intensification de la production animale est un facteur majeur influençant l'émergence de pathogènes zoonotiques. Dans de nombreux contextes, ce processus engendre une mosaïque complexe de modes de production et de distribution animale. Pourtant, les manières dont ces réseaux – par lesquels les animaux sont élevés, échangés et consommés – influencent la transmission et la persistance des agents pathogènes restent mal comprises. Cette question est particulièrement cruciale dans les régions à haut risque d’émergence, comme le Bangladesh, où la production avicole connaît une croissance rapide et où plusieurs lignées de virus influenza aviaire (VIA), y compris le sous-type hautement pathogène H5N1, circulent de manière endémique.

Ce projet de doctorat vise à explorer comment la structure des réseaux de production et de distribution de volailles influence la dynamique de transmission des VIA, et à évaluer l’efficacité d’interventions structurelles pour réduire les risques sanitaires. Le.a doctorant.e développera des modèles mécanistes et appliquera un cadre de modélisation innovant, EPINEST, pour simuler la propagation des VIA au Bangladesh. Le projet s’appuiera sur de vastes jeux de données existants concernant la structure des réseaux, la prévalence virale et les séquences génétiques. Une attention particulière sera portée à l’intégration d’analyses phylodynamiques afin d’informer les modèles mécanistes, en reliant les données génétiques virales aux dynamiques de transmission. Des stratégies de contrôle modifiant la structure du réseau seront simulées afin d’examiner leur impact sur le risque de transmission des VIA.

Le.a doctorant.e sera principalement basé.e dans l'Unité EPIdémiologie des maladies Animales et zoonotiques (EPIA), sur le campus de VetAgro Sup près de Lyon (France) et collaborera étroitement avec le Royal Veterinary College (Royaume-Uni), Chattogram Veterinary and Animal Science University et le Bangladesh Livestock Research Institute (Bangladesh). Le poste impliquera des visites sur site au Royal Veterinary College.

À travers ce projet, le.a doctorant.e développera des compétences robustes en modélisation mécaniste et en analyses phylodynamiques. De plus, dans le cadre d'une collaboration internationale, il.elle s'épanouira dans un environnement interdisciplinaire stimulant. Ce cadre ne renforcera pas seulement ses compétences de recherche mais élargira également son réseau professionnel et l’exposera à diverses perspectives et méthodologies scientifiques.

Références:

Pinotti et al, 2024, EPINEST, an agent-based model to simulate epidemic dynamics in large-scale poultry production and distribution networks. PLOS Computational Biology, 20(2):e1011375

Pinotti F et al, 2024, Modelling the transmission dynamics of H9N2 avian influenza viruses in a live bird market. Nature Communications, 15(1):3494.

Carnegie et al (2023) H9N2 avian influenza virus dispersal along Bangladeshi poultry trading networks. Virus Evolution, 9(1):vead014.

Formations et compétences recherchées

Obtention d'un diplôme de deuxième cycle universitaire, ou au minimum de premier cycle universitaire, dans les domaines de l'épidémiologie, de la science des réseaux, de la biostatistique, de la biologie computationnelle, des mathématiques, de la physique ou d'une autre discipline quantitative pertinente.

Maîtrise de l’anglais à l'écrit et à l'oral.

Capacité à superviser des étudiants et à collaborer avec des chercheurs issus de diverses disciplines.

Connaissances en modélisation mathématique.

Expérience préalable en analyses quantitatives et en modélisation de la propagation des maladies infectieuses serait un atout, de même que la maîtrise de R et/ou d’un langage de programmation tel que C/C++ ou Python.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation