Poste de chercheur postdoctoral en pathologie des insectes

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le/la chercheur(e) recruté(e) travaillera à l’Institut MICALIS (INRAE), au sein de l’équipe GME (https://www.micalis.fr/equipe/gme/) dans le cadre du projet ANR FLYPATH, qui inclue IRBI à l’Université de Tours et trois sociétés productrices d’insectes. Ce projet vise à étudier les pathogènes d’insectes et les risques épidémiques dans les élevages de mouches soldats noires (BSF), un insecte élevé pour la production de farine pour l’alimentation animale. L'objectif principal est d’identifier les pathogènes viraux et bactériens potentiels ainsi que leurs voies de contamination dans ces élevages grâce à des analyses métagénomiques, des tests diagnostiques ainsi que sur la compréhension de la pathogénèse. Ces recherches permettront d’apporter des éclairages sur les dynamiques et l’écologie des pathogènes en fonction de leur spécificité et de leur mode de transmission.

Environnement scientifique :

L’Institut MICALIS (https://www.micalis.fr/micalis/) est une unité mixte de recherche (UMR) de haut niveau en microbiologie, associant INRAE (Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement), AgroParisTech (une grande école européenne de formation d’ingénieurs et de managers en sciences du vivant et de l’environnement) et l’Université Paris-Saclay. L’Institut rassemble plus de 350 personnes est localisé à Jouy en Josas sur le centre INRAE « Ile de France, Jouy-Antony, regroupant plusieurs unités.

Objectifs spécifiques du projet PostDoc :

Ce projet PostDoc se concentrera sur les réponses du BSFL aux bactéries entomopathogènes sporulées à travers des expériences d'exposition contrôlée. L’objectif est de découvrir le processus d’infection afin de déterminer la dynamique et la persistance du pathogène chez les larvaires et les impacts des tissues et sur d’immunité. Les approches et objectifs peuvent dépendre de l’expertise du candidat et des résultats des expériences préliminaires avec des bactéries sporulées. Les approches pourront inclure :

• Exposition des larves et des adultes de BSF à des doses croissantes de spores bactériennes.

• Mesure des paramètres physiologiques tels que la mortalité, le temps de développement et le poids pour évaluer la virulence de l’agent pathogène.

• Déterminer la réplication persistance du pathogène chez les larves à l'aide de la PCR quantitative (qPCR), de la PCR numérique en gouttelettes (ddPCR), ou de milieux de croissance sélectifs.

• Utilisation d'approches histologiques/imagerie (interactions pathogènes-barrières intestinales)

• Réalisation d'infections contrôlées et d'analyses de réponse transcriptionnelle à l'aide d'expériences doubles pour étudier la composition de la communauté microbienne intestinale (métabarcoding 16SrDNA) et l'expression des gènes de l’immunité innée (qRT-PCR/ddRT-PCR).

• Évaluer l'impact des infections sur la fertilité du BSF et le transfert horizontal-vertical.

La personne recrutée sera en charge de :

• Les expériences d’infection avec l’aide d’un technicien
• Adapter les test   PCR (qPCR), et digital PCR (ddPCR)/
• Analyses des réponses immunes et / microbiote (metabarcoding et transcriptomique)
• Encadrer un étudiant
• Diffusion des résultats, publication et exposés.
• Participer à la vie scientifique et organisationnelle de l’équipe GME.

L'Unité Micalis est une zone à régime restrictif (ZRR) le recrutement est donc soumis à validation du ministère. 

Formations et compétences recherchées

• Interaction – hôte pathogène
• Entomologie et/ou microbiologie
• Biologie moléculaire (RT-qPCR) /Bioinformatique (analyse metabarcoding et transcriptomique)
• Imagerie-microscopie
• Histologie et réponses immunitaires innées
• Anglais niveau C1
• Aimer le travail en équipe mais avec autonomie
• Bonne faculté de communication à l’écrit et à l’oral 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation