Thèse : Évaluation des effets de la restauration des estuaires par la modélisation des communautés et les approches fonctionnelles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l'Unité de Recherche sur les Écosystèmes Aquatiques et les Changements Globaux (UR EABX : https://eabx.bordeaux-aquitaine.hub.inrae.fr/qui-sommes-nous/l-unite-eabx), située à Cestas, près de la ville de Bordeaux. Cette unité de recherche fait partie du Centre INRAE Bordeaux–Nouvelle-Aquitaine.

Les recherches menées par l'UR EABX visent à fournir des connaissances, développer des méthodologies et améliorer les outils permettant de définir et comprendre l'état et la dynamique des écosystèmes aquatiques d'eau douce (y compris les estuaires, les marais côtiers, les lacs et les rivières). Cela est accompli en évaluant les réponses de ces écosystèmes et de leurs espèces clés—en particulier les poissons diadromes, estuariens et euryhalins, ainsi que les plantes aquatiques—aux diverses pressions humaines (par exemple, la pêche, la fragmentation des habitats, la pollution, le changement climatique). L'équipe Fonctionnement et Restauration des Écosystèmes Estuariens et des Populations Migratoires Amphihalines (FREEMA) mène des recherches écologiques sur la réponse des communautés de poissons aux contraintes environnementales et aux pressions humaines locales et mondiales. Cette recherche se concentre principalement sur la compréhension des liens entre la structure et la dynamique de ces communautés et le fonctionnement écologique global des écosystèmes sous contraintes environnementales. Les outils de bio indication sont largement utilisés au sein de l'unité de recherche pour réaliser des diagnostics écologiques. De plus, la restauration des écosystèmes aquatiques dégradés—en particulier les estuaires et les habitats associés comme les zones humides—devient de plus en plus centrale dans les activités de recherche de FREEMA.

Les écosystèmes estuariens sont des environnements dynamiques et productifs qui fournissent des habitats essentiels pour de nombreuses espèces de poissons. Cependant, ils sont de plus en plus menacés par les activités humaines, ce qui rend les efforts de restauration cruciaux pour maintenir leur fonctionnalité et leur biodiversité. Ce projet de doctorat a pour objectif d’évaluer et de prédire les réponses des communautés de poissons aux actions de restauration des habitats dans un contexte de stress environnemental variable, en fournissant des informations cruciales sur l’évolution à long terme de la biodiversité et du fonctionnement des écosystèmes dans les habitats estuariens.

Le-la candidat-e évaluera les impacts des pratiques actuelles de restauration des estuaires sur les communautés de poissons de l'estuaire de la Gironde en utilisant un cadre de modélisation de la distribution conjointe des espèces (JSDM). En resélectionnant deux études de cas sur plusieurs sites restaurés et non restaurés, y compris l'Île Nouvelle et Mortagne en Gironde, le-la candidat-e évaluera l'état actuel et la composition des communautés de poissons par rapport aux données historiques. Il/elle analysera la trajectoire temporelle des probabilités d'occurrence des espèces et quantifiera les principaux facteurs environnementaux et de gestion influençant les réponses des espèces. Cela permettra d’éclairer le niveau de succès des actions de restauration en cours. Le projet examinera également les trajectoires fonctionnelles des communautés de poissons en analysant les changements dans la diversité fonctionnelle et la rareté fonctionnelle en relation avec les efforts de restauration et les conditions environnementales. Cette analyse permettra d’identifier les caractéristiques des habitats associées aux ‘points chauds’ et ‘points froids’ des métriques fonctionnelles, et d’évaluer le potentiel de résilience des communautés dans un contexte de restauration. Cette compréhension mettra en lumière les mécanismes sous-jacents du fonctionnement des écosystèmes dans les habitats estuariens, guidant le choix des espèces et des traits à cibler dans les projets de restauration. Enfin, le projet vise à développer des modèles prédictifs pour projeter la dynamique future des communautés de poissons sous divers scénarios environnementaux et de restauration. Ces modèles prédictifs orienteront la gestion adaptative et la planification des actions de restauration, renforçant la résilience des communautés de poissons face aux changements futurs.

La thèse cherchera à répondre à des questions telles que :

• Comment les actions de restauration affectent-elles l'assemblage des communautés de poissons estuariens et quelles espèces en bénéficient le plus ?
• Les actions de restauration peuvent-elles promouvoir des points chauds fonctionnels pour préserver la résilience des communautés ?
• Quels seront les impacts futurs du changement climatique sur les communautés estuariennes et leur fonctionnement ?
• La restauration des habitats peut-elle atténuer les effets du changement climatique et contribuer à la résilience des communautés ?

Tout au long de ce projet doctoral, le-la candidat-e développera un ensemble de compétences diversifiées, lui permettant de mener des recherches variées dans le domaine de l’écologie. Lors des campagnes d’échantillonnage, il-elle acquerra une expérience pratique des méthodes et protocoles de suivi des poissons. En plus des connaissances théoriques en écologie des communautés et en écologie estuarienne, il-elle apprendra à construire, analyser et interpréter des modèles hiérarchiques de distribution conjointe des espèces, en les utilisant pour faire des prédictions sur les scénarios futurs de changement environnemental. Ces compétences pratiques en écologie de terrain et en modélisation statistique constitueront une base solide pour sa carrière postdoctorale. De plus, il-elle développera et affinera ses compétences en rédaction scientifique afin de publier avec succès des articles de recherche.

 

 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Le-la candidat-e retenu-e sera titulaire d'un Master 2 en écologie ou dans un domaine connexe, ou d’un diplôme d’ingénieur-e en agronomie ou environnement. Au cours de ses études et de ses stages, il-elle aura reçu une formation en écologie des communautés, avec un accent particulier sur l'écologie quantitative. Il-elle devra être familiarisé-e avec les concepts liés aux changements de distribution des espèces et les mécanismes sous-jacents.

Connaissances requises : Le-la candidat-e devra avoir une solide compréhension, ou au moins un fort intérêt, pour la modélisation statistique et la programmation en R.

Expérience appréciée : Le-la candidat-e devra être autonome tout en sachant collaborer avec d'autres pour assurer le succès du projet. Une bonne maîtrise de l'anglais est essentielle.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM...).

Modalités pour postuler

Candidature sur la plateforme adum : 

https://adum.fr/as/ed/voirproposition.pl?site=adumR&matricule_prop=62208#version

Date limite pour postuler : 28.05.2025
Veuillez noter que des entretiens avec les directeurs de thèse pour les recommandations auprès de l'école doctorale peuvent être organisés avant la date limite, il est donc préférable de ne pas attendre la dernière minute pour postuler.