THESE : Interactions entre le pathogène d’origine alimentaire Bacillus cereus et les aliments végétaux dans le tractus intestinal (Projet CeFoo !)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous réaliserez vos travaux de recherche dans l'UMR SQPOV (https://sqpov.paca.hub.inrae.fr), et notamment au sein des équipes SporAlim et Qualim. 

Les bactéries sporulées représentent un problème majeur pour les industries agro-alimentaires, en raison de leur ubiquité, de leur capacité d’adaptation et de leur résistance. Certaines souches pathogènes de Bacillus cereus sensu stricto (Bc), capables de contaminer tout type d’aliments, sont responsables de toxi-infections alimentaires (TIACs) et en constitueraient en France la deuxième cause.

Les plantes fournissent une large gamme de microconstituants antimicrobiens qui pourraient donc être intéressants du point de vue de la santé humaine. Certains phyto-microconstituants présenteraient une activité antibactérienne élevée contre Bc. La plupart du temps, l’efficacité de ces composés antimicrobiens est testée in vitro, en ignorant A) les stress rencontrés par la bactérie dans le tube digestif et les mécanismes adaptatifs mis en place dans ces conditions ; B) le rôle de la matrice alimentaire, notamment celle des fibres, dans la disponibilité des phyto-microconstituants et C) le rôle des différents mécanismes physiologiques (enzymes, variation du pH, sels biliaires, etc.) mis en œuvre lors des différentes phases de la digestion. L’ambition du projet est de prendre en compte l'aliment dans sa globalité pour évaluer le potentiel anti-microbien des produits d'origine végétale sur Bc dans le tube digestif (modèle in vitro semi dynamique), d’identifier les phyto-microconstituants actifs, l’effet des interactions phyto-microconstituants/fibres et de décrypter la réponse de la bactérie à ces composés.

Pour répondre aux questions scientifiques du projet, le(la) doctorant(e) développera des approches de physiologie microbienne (développement et survie de Bc dans le tractus intestinal), de génétique microbienne et de biologie moléculaire (construction et caractérisation de souches bactériennes mutantes, construction de fusions transcriptionnelles de promoteurs de gènes d’intérêt à un gène codant une protéine fluorescente). Il(elle) développera également des approches de digestion in vitro (pH, enzymes, sels biliaires, …) afin d’étudier le devenir des phyto-microconstituants en lien notamment avec la structure des fibres, leur évolution au cours de la digestion et leur capacité à interagir entre eux. Il(elle) analysera et réalisera du fractionnement et de la purification des fibres et des phyto-microconstituants en utilisant différents techniques chromatographiques (GC-MS, GC-FID, UHPLC-HRMS, HPLC-DAD). 

Le (la) doctorant(e) travaillera en zone ZRR (zone à régime restrictif). L’accueil définitif est soumis à la condition d’obtenir un avis favorable pour l’accès en ZRR.

Le (la) doctorant(e) respectera les règles de laïcité d’INRAE : « Tous ceux qui travaillent à INRAE doivent exercer leurs fonctions avec dignité, impartialité, intégrité et probité, respecter l'obligation de neutralité, respecter le principe de laïcité et s'abstenir d'exprimer leurs opinions religieuses dans l'exercice de leurs fonctions. Tous les salariés contribuant aux travaux d’INRAE doivent traiter de manière égale toutes les personnes avec lesquelles ils peuvent interagir dans le cadre de leurs fonctions professionnelles et respecter leur liberté de conscience et leur dignité

Formations et compétences recherchées

Le(la) candidat(e) sera issu(e) d’un Master 2 en microbiologie ou d’un diplôme équivalent (école d’ingénieur). Il(elle) doit avoir une formation solide en biologie moléculaire, biochimie et génétique microbienne et avoir une appétence pour la biochimie des aliments.

Alternativement, le(la) candidat(e) sera issu(e) d’un Master 2 en biochimie des aliments ou d’un diplôme équivalent (école d’ingénieur). Une expérience dans une ou plusieurs des méthodes utilisées (analyse phytochimique, analyse des fibres, digestion in vitro, etc.) sera appréciée ainsi qu’une appétence pour la microbiologie.

Une expérience dans le traitement statistique des données sera également appréciée

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation