post-doctorant - Phénotypage des racines protéoïdes chez le lupin blanc (H/F)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’équipe "Développement et Plasticité du Système Racinaire" recherche un chercheur postdoctoral afin de mener un projet d’étude du développement racinaire par une approche de génomique d’association. Ce poste offre une excellente opportunité de travailler dans un environnement de recherche dynamique et bien équipé, en bénéficiant des plateformes de pointe et de l’expertise interdisciplinaire de l’IPSiM.

Le candidat participera au projet ANR PULSAR (France 2030) financé à hauteur de 2,8 M€, visant à améliorer l'utilisation et la production de protéines chez le lupin blanc à travers des approches basées sur les associations d'espèces afin de promouvoir cette légumineuse orpheline. L'objectif spécifique du projet du candidat sera de réaliser une étude phénotypique du système racinaire afin de mener une approche de génomique d’association (GWAS). Le lupin possède la caractéristique de former des racines protéoïdes, structures permettant d’améliorer la nutrition minérale notamment en phosphate. Le projet vise à identifier de nouveaux régulateurs génétiques de leur développement chez le lupin blanc. Les analyses génomiques seront menées en collaboration avec les partenaires du projet PULSAR à l'UMR Agroécologie INRAE Dijon, France.

Missions :

- Analyse phénotypique d’une core-collection de 150 accessions de lupin blanc, sélectionnées pour leur diversité phénotypique à partir d'un panel plus large de 350 accessions.

- Caractérisation de l'architecture racinaire, avec un accent particulier sur les racines protéoïdes (ex. : nombre, densité, longueur et proportion de racines secondaires couvertes par des racines protéoïdes).

- Culture de plantes de lupin en chambres de croissance en utilisant un système de phénotypage semi-hydroponique 2D, adapté d'Atkinson et al. (2015) et Falk et al. (2020).

- Extraction de traits quantitatifs à l'aide de logiciels d'analyse d'image existants (des modifications pourront être nécessaires pour optimiser les performances, en collaboration avec des partenaires).

- Sélection de dix accessions présentant des phénotypes contrastés de racines protéoïdes pour une évaluation plus approfondie du phénotype racinaire et de la capacité de nodulation (en fonction de conditions nutritionnelles variables).

- Analyse génotypique : réséquençage des régulateurs principaux déjà identifiés dans la collection de base pour évaluer les corrélations génotype-phénotype.

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Le candidat retenu rejoindra l'équipe "Développement et Plasticité du Système Racinaire" de l'UMR IPSiM (Institut des Sciences des Plantes de Montpellier), située sur le campus INRAE/Institut Agro de Montpellier, France. L'institut hôte offre un cadre scientifique exceptionnel avec accès à des installations de pointe pour la recherche sur les plantes, notamment :

- Plateforme de phénotypage racinaire : établie en 2017, cette plateforme est spécialisée dans l'analyse cinétique et non destructive de l'architecture du système racinaire chez diverses espèces, notamment Arabidopsis, riz, tomate, colza, Medicago et lupin blanc.

Formations et compétences recherchées

- Doctorat en biologie végétale, génétique ou domaine apparenté.

- Expérience en analyse du développement du système racinaire, phénotypage des plantes et/ou physiologie végétale.

- Expérience avec les outils d'analyse d'image et les méthodes de phénotypage à haut débit.

- Familiarité avec la génétique statistique et la génomique d’association (GWAS).

- Compétences en bioinformatique et programmation (ex. : Python, R) seraient un plus.

- Fortes compétences analytiques et capacité à traiter de grands ensembles de données. Travail en équipe et en collaboration (nationale).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation