Ingénieur-e en bioinformatique pour le diagnostic génomique en santé des plantes

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Au sein de l’équipe bioinformatique du Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement, composée de cinq ingénieurs et d’un apprenti, vous interviendrez à deux niveaux sur plusieurs projets pour lesquels nous développons des pipelines de diagnostics exploitant le séquençage « long reads ». Les protocoles sont aussi bien destinés au contrôle qualité de l'activité de recherche qu'aux acteurs proches des agriculteurs, puis, à terme, aux agriculteurs eux-mêmes. 

D’une part, vous devrez construire des plans d’expériences afin d’améliorer au maximum la qualité des résultats. Cela nécessitera de comprendre les pipelines, de chercher à mettre en évidence leurs limites, de les améliorer, de les documenter afin de préparer leur mise en production et/ou leur publication.  

D’autre part, vous aurez une activité de « data analyst ». Vous contribuerez à collecter, curer des données de natures diverses (principalement génomiques et littérature) qui serviront à entraîner nos modèles prédictifs ou à construire et mettre à jour les bases de données de références utilisées pour le diagnostic. Vous analyserez les échantillons et diffuserez les résultats auprès de nos collaborateurs.

Formations et compétences recherchées

Spécialisation  : Bioinformatique

Les compétences recherchées sont :
- Connaissances en bioinformatique des séquences (MSA, mapping, assemblage, etc.)
- Connaissances en programmation python
- Connaissance pratique de Linux
- Intérêt pour la biologie, des plantes cultivées et de leurs pathogènes (bactéries, champignons, etc.)
- Motivation, rigueur et fiabilité seront indispensables

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation