Ingénieur-e en écologie microbienne et microbiologie

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

◼ Vous travaillerez au sein de l’unité ‘Santé et Agroécologie du Vignoble’ (SAVE), située sur le centre de recherche INRAE de Villenave d’Ornon, à proximité de Bordeaux (France). L’unité porte des projets de recherche d’envergure sur la transition agroécologique en viticulture, en étroite collaboration avec les professionnels de ce secteur et du biocontrôle. Elle fait partie de l’Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), un institut reconnu mondialement pour ses activités de recherche, de formation et de transfert.

Au sein de SAVE, vous serez intégré dans l’équipe ‘Microbiote de la vigne’ animée par Corinne Vacher. Vos activités vous amèneront à collaborer avec les autres équipes de SAVE, d’autres unités de l’ISVV (EGFV, Oeno), d’autres unités de recherche en France (Agroécologie, AGAP…) ainsi que l’Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV) et des partenaires privés.

Vous jouerez un rôle clé dans le projet GetUp qui vise à développer des solutions opérationnelles, basées sur le pilotage du microbiote, pour lutter contre le mildiou de la vigne. Ce projet vise en particulier à concevoir des consortia microbiens capables de protéger la vigne contre le mildiou, soit en agissant directement sur l'agent pathogène (Plasmopara viticola), soit en stimulant les défenses de la vigne. Il vise également à identifier les pratiques et les infrastructures agroécologiques à mettre en place pour maintenir et renforcer naturellement le microbiote protecteur, tant à l'échelle de la parcelle que de l'exploitation.

Votre mission sera de coordonner les activités d’échantillonnage, de biologie moléculaire et de microbiologie de plusieurs actions de recherche du projet GetUp. Vous serez pour cela appuyé par un assistant-ingénieur en biologie moléculaire et microbiologie et par un assistant-ingénieur en expérimentation végétale. Votre mission ira de la conception des plans d’expérience, en collaboration avec les scientifiques responsables des actions de recherche (AR), jusqu’à la livraison des données brutes selon le plan de gestion des données.

Vous serez plus particulièrement en charge de la réalisation des quatre actions suivantes : identifier des taxons microbiens associés à une moindre sensibilité au mildiou en comparant le microbiote de parcelles plus ou moins sensibles selon des relevés épidémiologiques (AR1) ; caractériser plusieurs souches de levures foliaires choisies pour leur potentiel de biocontrôle par des expérimentations en conditions contrôlées (AR3) ; évaluer l’effet de ces levures sur le mildiou et les défenses de la vigne par des expériences sur plantes entières en conditions semi-contrôlées (AR4) ; évaluer l’effet des infrastructures agroécologiques (couverts végétaux, haies, arbres) sur le microbiote protecteur contre le mildiou dans des parcelles en conditions réelles de production (AR9). La caractérisation des microbiotes (feuilles, sol et racines) se fera par des approches de métabarcoding et de qPCR haut-débit. L’évaluation de l’activité de biocontrôle des levures impliquera des cultures microbiennes, des tests de confrontation et des mesures enzymatiques.

◼ Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Organiser et animer des réunions régulières avec le personnel technique et les stagiaires qui contribueront aux actions de recherche.
• Rendre compte des avancées et des problèmes rencontrés aux responsables scientifiques de chaque action de recherche.
• Concevoir les plans d’échantillonnage et d’expérience en collaboration avec les responsables de chaque action.
• Prendre contact avec les viticulteurs et les tenir informés des activités tout au long des campagnes d’échantillonnage sur leurs parcelles.
• Interagir avec les responsables des serres pour s’assurer de la production du matériel végétal nécessaire aux expérimentations en conditions contrôlées et semi-contrôlées.
• Organiser et contribuer aux campagnes d’échantillonnage autour de Bordeaux ainsi que dans les régions de Gaillac, Cognac, Val-de-Loire et Champagne.
• Contribuer aux expérimentations en microbiologie et biologie moléculaire.
• Choisir les méthodes de séquençage et qPCR en collaboration avec les responsables de chaque action et les plateformes concernées.
• Suivre le déroulement du séquençage, depuis la demande de devis jusqu’à la livraison des résultats.
• Archiver les données de séquençage et les autres résultats sur le serveur de sauvegarde dédié au projet et dans les bases de données publiques.
• Veiller à la bonne tenue des cahiers de laboratoire électroniques et archiver les protocoles expérimentaux sur le serveur de sauvegarde dédié au projet.
• Réaliser des analyses préliminaires sur les données collectées et présenter les résultats sous forme de communication orale ou de poster lors des réunions de projet et de colloques professionnels dans le domaine de la viticulture.
• Contribuer à la vie collective du laboratoire et du projet, en partageant les protocoles et savoir-faire et en fournissant une aide ponctuelle sur d’autres expérimentations.

◼ Conditions particulières d’activité :

- des déplacements fréquents dans la région Nouvelle-Aquitaine et ailleurs en France seront nécessaires pour réaliser les échantillonnages et se rendre aux colloques professionnels. Le permis B est indispensable.

- une partie des activités pourrait se dérouler dans un laboratoire confiné dédié à l’ADN environnemental ou dans une serre confinée. Ce travail isolé nécessitera une bonne autonomie en biologie moléculaire et microbiologie.

- travail sur écran quotidien.

Formations et compétences recherchées

◼ Formation recommandée : Master en écologie microbienne ou microbiologie

◼ Connaissances souhaitées : biologie moléculaire (extractions et amplifications d’acide nucléiques, séquençage haut-débit appliqué à l’étude du microbiote) ; pathologie végétale (inoculation d’agent pathogène, mesures de symptômes) ; microbiologie (mise en culture, tests de confrontations, mesures enzymatiques sur un lecteur de plaques) ; écologie (échantillonnage sur le terrain pour analyse de l’ADN environnemental) ; connaissances de base en bioinformatique et biostatistiques (pipelines dédiés au métabarcoding, logiciel R).

◼ Expérience appréciée : expérience d’encadrement de personnel technique ou de stagiaire ; expérience de travail dans le domaine de la viticulture.

◼ Aptitudes recherchées : esprit d’équipe, bon relationnel, sens de l’organisation, autonomie.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation