Stage: Mise en place d’une méthode de quantification de la viabilité de l’inoculum aérien de Plasmopara viticola, l’agent causal du mildiou de la vigne, pour une meilleure prévision des risques épidémiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein du Centre INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux, à l’UMR SAVE et plus particulièrement au sein de l’Unité Mixte Technologique Santé des Ecosystèmes Viticoles en iNtrant (UMT SEVEN), développent une technologie de capture de spores pour mesurer la quantité d’inoculum des agents pathogènes de la vigne dans l’air. Cette nouvelle mesure, témoin de la présence de propagules infectieuses dans l’environnement proximal des vignes avant l’initiation de l’épidémie puis pendant son développement, constitue une information supplémentaire pour affiner l’estimation du risque épidémique à la parcelle. Un réseau de capteurs de spores est aujourd’hui déployé en Nouvelle-Aquitaine sur un observatoire participatif composé de 78 sites et 105 capteurs. Ce dispositif constitue une plateforme unique de recherche en épidémiologie du paysage, ainsi que d’antichambre de maturation technologique avant un transfert vers l’ensemble de la profession. Actuellement, la technologie développée pour dénombrer les spores se base sur une quantité d’ADN, mais ne prend pas en compte leur potentiel infectieux. La personne recrutée aura donc pour mission principale de concevoir un protocole visant à mesurer la viabilité des spores de mildiou capturées. L’étudiant(e) recruté(e) rejoindra l’équipe projet constitué d’un chercheur INRAE (Frédéric Fabre), de deux ingénieurs IFV accueillis à l’INRAE (Benoit Laurent & Sarah Audureau), et d’un doctorant CIFRE IFV (Olivier Nefti).

-Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Tester un protocole de biologie moléculaire permettant la quantification de l’inoculum viable à partir des capteurs de spores de mildiou,
• Participer au suivi des dispositifs expérimentaux déployés à l’INRAE de Bordeaux pour étudier le lien entre capture de spores et risque épidémique. Ces suivis consisteront à la collecte de spores, les notations phénologiques et sanitaires des parcelles, et l’analyse des échantillons par qPCR.

Analyser les données récoltées et interpréter leurs résultats

Laboratoire et terrain

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Étudiant ingénieur agronome ou Master 2, idéalement avec une spécialisation dans les domaines de la phytopathologie / épidémiologie végétale.

-Connaissances souhaitées : en biologie moléculaire, en épidémiologie végétale, et en analyse de données (maîtrise de R souhaitée).

-Expérience appréciée : travail de laboratoire et les expérimentations de terrain

-Aptitudes recherchées : Capacité à travailler de manière autonome et à collaborer dans un cadre multidisciplinaire.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation