Mission temporaire OT-23031
Assistant-e ingénieur-e en biologie moléculaire
33140 VILLENAVE-D'ORNON
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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
-Les microbiotes associés aux sols et aux plantes cultivées jouent un rôle important dans la santé et la productivité des agro-écosystèmes. Ces microbiotes habitent les différentes parties de la plante et ont des effets variés sur l’agrosystème, positifs ou négatifs (protection contre les pathogènes, résistance aux stress abiotiques, amélioration de la nutrition, mais aussi déclenchement de maladies). En outre, ils répondent rapidement aux changements environnementaux (climat, pratiques culturales), ce qui pourrait faire d’eux de bons bioindicateurs de l’état de santé et de la productivité des agrosystèmes.
Vous contribuerez à un projet qui vise à identifier des bio-indicateurs microbiens de la productivité des écosystèmes viticoles en Champagne. Ce projet, lancé en 2021, est mené en collaboration avec le groupe Moët-Hennessy. Des échantillons de sols, racines et feuilles ont été récoltés dans des parcelles de vigne aux rendements contrastés. Ces échantillons ont fait l’objet d’analyses moléculaires afin d’identifier les taxons microbiens (champignons et bactéries) qui sont indicateurs d’un écosystème viticole à fort rendement. Des méthodes ont été développées afin d’optimiser la préparation et l’analyse moléculaire de ces échantillons. Aujourd’hui, nous souhaitons confirmer nos résultats par l’analyse de nouveaux échantillons (sols, racines et feuilles), mais aussi des baies de raisins. Ces échantillons ont déjà été récoltés.
Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR Santé et Agroécologie du Vignoble (SAVE) de l’INRAE Nouvelle Aquitaine, à Villlenave d’Ornon, dans l’équipe Microbiote animée par Corinne Vacher. Vous serez supervisé par la responsable du projet (Lucile Pellan) et soutenu par les personnels scientifiques et techniques de l’équipe d’accueil. Votre mission principale sera de préparer les échantillons environnementaux déjà récoltés puis extraire and amplifier les acides nucléiques pour leur séquençage par des approches de ‘métabarcoding’. Vous appuierez pour cela sur les compétences et les équipements de la Plateforme Génome-Transcriptome de Bordeaux (PGTB, Cestas, France) et sur les protocoles développés au cours du projet. Une contribution aux autres activités de l’équipe, notamment en microbiologie, sera ponctuellement demandée.
¡Vous serez plus particulièrement en charge de :
- Découper, broyer et/ou lyophiliser les échantillons de sols, racines et de feuilles.
- Mettre au point un protocole de préparation des baies de raisin.
- Extraire l’ADN des échantillons préparés.
- Amplifier par PCRs les régions ‘barcodes’ (16S, ITS et 18S) permettant d’identifier les micro-organismes.
- Préparer les amplicons pour leur séquençage par la plateforme PGTB.
- Tenir un cahier de laboratoire répertoriant toutes les étapes de l’expérience.
- Contribuer à la rédaction des protocoles.
- des allers-retours fréquents sur le site INRAE de Cestas-Pierroton seront nécessaires pour se rendre à la Plateforme Génome-Transcription (PGTB). Le permis B est indispensable. - une partie des activités se déroulera dans un laboratoire confiné dédié à l’ADN environnemental. Ce travail isolé nécessitera une bonne autonomie en biologie moléculaire.
Formations et compétences recherchées
Formation recommandée : nous recherchons un.e candidat.e motivé.e en possession d’un BTS/DUT en biologie moléculaire, génie biologique ou biotechnologies végétales.
Connaissances/expériences appréciées
- préparation d’échantillons environnementaux (sols, racines, feuilles, fruits) en vue de leur analyse génétique.
- biologie moléculaire (extraction d'ADN, PCR, qPCR).
- microbiologie (isolements, repiquages, tests de confrontation).
- des connaissance de base en bioinformatique seraient un plus.
Aptitudes recherchées
- rigueur et autonomie
- sens de l’organisation et de l’anticipation
- goût du travail en équipe
- bonnes capacités rédactionnelles
- permis B
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr