STAGE : Dynamique spatio-temporelle des cyanobactéries planctoniques des plans d’eau DCE de France métropolitaine

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Les cyanobactéries sont des micro-organismes photosynthétiques retrouvés dans les milieux aquatiques et capables de proliférer lorsque certaines conditions sont réunies, par exemple en cas de températures élevées de l’eau ou d’eutrophisation des milieux. Ces proliférations, qualifiées d’efflorescences algales ou de “bloom”, peuvent être néfastes pour la qualité des milieux aquatiques, en provoquant par exemple une hypoxie ou une anoxie de l’eau lors de la dégradation de la biomasse cyanobactérienne, une réduction de la biodiversité ou être à l’origine de risques sanitaires et écologiques via le relargage dans le milieu de cyanotoxines.

Pour les besoins de la Directive Cadre Européenne sur l’eau (DCE), une base de données décrivant le phytoplancton retrouvé dans les plans d’eau de France métropolitaine a été constituée dès 2009 afin de permettre le développement de l’indicateur DCE (l’IPLAC) pour l’évaluation de l’état écologique de ces masses d’eau. Cette base de données s’est étoffée au cours du temps et regroupe actuellement des données pour des prélèvements phytoplanctoniques réalisés entre 2007 et 2023, sur la majeure partie des plans d’eau DCE (présentant une superficie de plus de 50 ha).

Bien que ce jeu de données ait été étudié pour le besoin du développement de l’indicateur, il reste encore beaucoup d’informations qui peuvent en être retirées. Le groupe des cyanobactéries, de par ses caractéristiques, et dans un contexte de réchauffement climatique, fait partie des groupes taxonomiques d’intérêt.

• À partir d’une analyse biostatistique de cette base de données, l’objectif principal de ce stage sera d’avoir une première approche de la caractérisation de la richesse, de la diversité et de l’abondance des cyanobactéries planctoniques observées dans les plans d’eau français. Cette caractérisation sera couplée à une analyse de la dynamique spatiale et temporelle de ces taxons avec un focus sur les taxons potentiellement proliférants et producteurs de cyanotoxines. Ces analyses pourront être croisées avec une analyse des données physico-chimiques disponibles, afin d’identifier les principaux paramètres abiotiques pouvant caractériser et expliquer les dynamiques décrites et la répartition géographique des cyanobactéries.

Vous serez accueilli-e au sein de l’unité EABX (Ecosystèmes Aquatiques et changements globaux). L'unité EABX est une unité de recherche en écologie aquatique qui mène des activités sur la caractérisation et la compréhension des réponses de la biodiversité aquatique continentale (cours d’eau, lacs et estuaires) aux changements globaux à différentes échelles biologiques, spatiales et temporelles. EABX est composée de deux équipes, ECOVEA (Ecologie des COmmunautés VEgétales Aquatiques et impact des pressions multiples) et FREEMA (Fonctionnement et à la Restauration des Écosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins). Dans le cadre de ce stage, vous serez accueilli-e au sein de l’équipe ECOVEA.

 Les recherches de l’équipe ECOVEA sont centrées sur la connaissance de la biodiversité et du fonctionnement des communautés végétales (macrophytes, phytoplancton, phytobenthos) d’eaux douces, ainsi que sur leurs réponses aux perturbations naturelles et anthropiques.

• Vous serez plus particulièrement en charge :
  • De la réalisation d’une bibliographie sur les cyanobactéries en plan d’eau et leurs trajectoires suivant les types de plan d’eau, sur les taxons potentiellement toxiques et proliférants, le tout dans un contexte de changement climatique ;
  • De la mise en forme les données et se les approprier;
  • De l’analyse du jeu de données d’abord d’une manière globale à l’échelle de tous les plans d’eau de métropole puis, plus fine, selon les regroupements de communautés qui pourront se dessiner ou encore de taxons d’intérêt ;
  • Une attention particulière sera à apporter dans les traitements aux genres toxinogènes, mais aussi à ceux rares (exotiques) quant à leurs répartitions géographiques et leurs occurrences et biomasses au cours du temps;
  • De la rédaction d’un rapport de synthèse des approches mises en œuvre et des résultats obtenus.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master 2 en Ecologie
• Connaissances souhaitées : Ecologie aquatique, écologie des micro-organismes, bioindication, biostatistiques
• Expérience appréciée : Ecologie aquatique, analyse de données
• Aptitudes recherchées : Rédaction, recherches bibliographiques, maîtrise de R, connaissances en SIG

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  2.5 jours de congés par mois de présence effective
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TBM, TER, Bus).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation