Ingénieur-e en suivis ichtyologiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe FREEMA (Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Estuariens et Poissons Migrateurs Amphihalins) de l’unité EABX (écosystèmes aquatiques et changements globaux). La mission sera réalisée dans le cadre du projet de recherche STURIO en appui au programme de restauration de l’esturgeon européen Acipenser sturio et dans le cadre du programme de recherche d’AQUAREF, laboratoire national de référence pour la surveillance des milieux aquatiques.

Des campagnes d’échantillonnages ichtyologiques dans l’estuaire de la Gironde sont menées depuis plusieurs années afin notamment d’évaluer l’état de santé de la population soutenue d’esturgeon européen (e.g. Lamour et al. 2024 ; Roques et al. 2018). Lors de ces campagnes scientifiques, réalisées au chalut de fond, toutes les espèces de poissons sont identifiées, dénombrées et relâchées. Des prélèvements et des marquages spécifiques sont réalisés sur les esturgeons européens.

En 2025, deux expérimentations utilisant la télémétrie acoustique sont planifiées.

D’une part, il s’agit de suivre la migration de reproduction de l’esturgeon européen dans les fleuves Dordogne et Garonne. Des esturgeons ont été et seront équipés d’émetteurs acoustiques longue durée durant les campagnes d’échantillonnage en estuaire mentionnées précédemment et des hydrophones seront placés dans les fleuves Dordogne et Garonne à proximités des frayères potentielles. Il s’agit durant cette expérience de documenter pour la première fois la remontée des géniteurs afin d’identifier le fleuve choisi, la distance parcourue en eau douce et le temps passé en fleuve. Cette étude de télémétrie sera complétée à l’automne par un suivis ADNe en fleuve visant à détecter la présence de juvéniles issus de reproductions naturelles. D’autre part, il s’agit de suivre la dévalaison de juvéniles d’esturgeons européens d’environ 1 an, nés et élevés en captivité, marqués avec des émetteurs acoustiques dotés d’un capteur prédation. Les hydrophones mis en place pour l’expérimentation précédente permettront une détection passive des juvéniles et un suivi actif durant les premières semaines post-lâcher sera mis en œuvre. Des collaborations avec les acteurs du bassin versant sont planifiées afin de réaliser les suivis dans les meilleures conditions possibles. Il s’agit, durant cette expérience, de comparer les résultats avec ceux d’une étude similaire réalisée en 2008-2009 en Dordogne (Acolas et al. 2012). L’expérience sera étendue aux 2 fleuves concernés par le repeuplement (Dordogne et Garonne). De plus, nous nous doterons de moyens de détecter une éventuelle prédation de ce stade juvénile par un top-prédateur dont la population a augmenté dans le bassin-versant et se révèle potentiellement impactante pour les poissons migrateurs (e.g. Bouletreau et al. 2020). L’ensemble des expérimentations se déroulent et se dérouleront dans le cadre d’une demande d’autorisation à l’expérimentation animale soumise à un comité d’éthique puis au ministère en charge visant à respecter le bien-être animal et la réglementation.

Enfin, dans le cadre du programme 2024-2026 d’AQUAREF vous participerez à une étude de faisabilité visant à développer une méthode de détection des poissons à l’aide de l’ADNe, adaptée en particulier aux estuaires turbides comme l’estuaire de la Gironde. Il est encore difficile d’utiliser l’ADNe dans ces milieux turbides en raison notamment des difficultés de filtration, d’extraction et d’amplification liées à la quantité importante de matière organique (e.g. Kumar et al. 2022).

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Participer à des échantillonnages de terrain au chalut de fond dans l’estuaire de la Gironde : embarquements d’environ 4 jours tous les 2 deux mois, manipulation des espèces échantillonnées (principalement poissons), biométrie, marquages internes et externes d’une espèce protégée l’esturgeon européen, relevé de paramètres physico-chimiques, saisie des données.
• Participer à la mise en place d’expérimentations de télémétrie acoustique sur l’esturgeon européen : participation à l’élaboration du protocole de suivi, marquages, mise en place de mouillages et d’hydrophones acoustiques, suivis actifs, relevé des données sur le terrain, rédaction de compte-rendu et de notes techniques.
• Réaliser une veille bibliographique sur les outils peu invasifs de suivis à distance des poissons : télémétrie, ADNe. Concernant l’ADNe, il s’agit plus particulièrement de rédiger une synthèse bibliographique sur les méthodes d’échantillonnage de l’ADNe compatibles avec des milieux très turbides dans le but de sélectionner des méthodes candidates à l’expérimentation d’un protocole adapté à l’estuaire de la Gironde.
• Participer à des échantillonnages d’ADNe standardisés en fleuve et à un déploiement expérimental des méthodes applicables en milieu estuarien précédemment identifiées dans le but de mises au point techniques.

Références citées :

Acolas M.L., Rochard E., Le Pichon C., Rouleau E. 2012. Downstream migration patterns of one-year-old hatchery-reared European sturgeon (Acipenser sturio). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 430–431, n^o 0 (2012): 68‑77.

Bouletreau S., Carry L., Meyer E., Filloux D., Menchi O., Mataix V., Santoul F. 2020. High Predation of Native Sea Lamprey during Spawning Migration. Scientific Reports 10, n^o 1: 6122.

Kumar G., Farrell E., Reaume A.M., Eble J.A., Gaither M. R. 2022. One size does not fit all: Tuning eDNA protocols for high‐and low‐turbidity water sampling. Environmental DNA, 4(1), 167-180.

Lamour M., Le Barh R., Merg M.-L., Grasso F., Quinton E., Rochard E., Le Pichon C., et M.L. Acolas. 2024. Using simulated environmental variables to assess the seasonal estuarine habitat selection of a critically endangered anadromous species (Acipenser sturio). Estuarine, Coastal and Shelf Science 298: 108656.

Roques S., Berrebi P., Rochard E., Acolas M.L. 2018. Genetic monitoring for the successful re-stocking of a critically endangered diadromous fish with low diversity. Biological Conservation 221 (2018): 91‑102. 

Déplacements fréquents.

Aptitude à l’embarquement sur un navire de recherche et sur de petites embarcations.

Travaux de terrain.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Bac+3 à Bac+5 maximum en écologie aquatique, diplôme habilitation à l’expérimentation animale

Connaissances souhaitées : Ecologie des poissons, biologie du comportement, techniques d’échantillonnages et de suivis ichtyologiques

Expérience appréciée : Expérience minimale d’un 1 an en échantillonnage ichtyologique et/ou télémétrie

Aptitudes recherchées : Rigueur, curiosité, goût pour le terrain et les méthodes innovantes, permis bateau

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM, Bus).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation