Estimation des corrélations génétiques entre caractères laitiers et allaitants chez les ovins lait

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Lieu d’accueil : Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE, à Castanet-Tolosan près de Toulouse. Vous serez suivi par des chercheurs appartenant à deux équipes différentes de génétique quantitative : Multiperformance animale et génétique (MAGE) et Stratégies génétiques pour la multiperformance des systèmes d’élevage (SESAME).

Contexte : Le secteur de l’élevage est confronté à des défis économiques, écologiques et sociétaux majeurs. La transition agroécologique permettra aux élevages de relever ces défis, notamment en mobilisant la diversité animale ainsi que les multiples aptitudes des animaux. Actuellement, les effectifs de bovins et ovins sont en diminution, particulièrement dans les filières allaitantes, mais les demandes en produits animaux ne suivent pas la même tendance. Pour satisfaire ces demandes, une hausse des effectifs est peu probable, et s’accompagnerait d’une hausse de l’impact environnemental de l’élevage des ruminants. L’amélioration des performances bouchères des ovins spécialisés en production laitière est une piste à explorer pour limiter la diminution de l’offre en agneaux et améliorer le revenu des éleveurs laitiers. Une piste à explorer pourrait consister en la prise en compte de caractères bouchers dans les schémas de sélection laitiers. Une part non négligeable de la production de viande provient déjà des filières laitières, sans que les animaux laitiers ne soient particulièrement sélectionnés pour cette production. En pratique, les aptitudes laitières et bouchères restent sélectionnées séparément, avec des évaluations mono-caractères, souvent dans des races ou rameaux distincts (ie spécialisé lait ou viande). Afin d’évaluer la pertinence d’inclure l’évaluation des caractères allaitants dans les schémas de sélection laitier dans un objectif multiple d’amélioration de la production et de limitation de l’empreinte environnementale, l’estimation des corrélations génétiques entre les caractères sélectionnés reste indispensable. Chez les bovins, des corrélations génétiques ont été estimées en races Normande, Montbéliarde et Simmental entre les caractères bouchers mesurés chez des jeunes taureaux et les caractères laitiers et les estimations allaient de faibles et défavorables à modérées et favorables (Croué et al., 2016). Chez les petits ruminants, les races en sélection sont évaluées exclusivement pour l’une ou l’autre des productions (lait ou viande). Nous n’avons pas, à notre connaissance, d’estimation des corrélations génétiques entre les aptitudes allaitantes et laitières dans cette espèce. Ce manque de connaissance peut notamment être expliqué par l’absence de collecte en routine en filière ovine laitière de données de poids, croissance, composition corporelle des animaux.

Objectif : L’objectif du stage est d’estimer des corrélations génétiques entre des caractères laitiers et des caractères allaitants (prolificité et performances bouchères) chez les ovins laitiers. Les données mobilisées dans ce stage proviendront du troupeau laitier (race Lacaune) de l’unité expérimentale INRAE de La Fage. Les résultats obtenus permettront d’objectiver les liens génétiques entre ces différents caractères de façon à i) étudier l’intérêt d’inclure les caractères allaitants dans les objectifs de sélection des races laitières et ii) mieux prendre en compte ces caractères dans les travaux de modélisation des compromis entre fonctions.

Mission : Le stage repose essentiellement sur de l’analyse de données déjà acquises. Tout d’abord, les différents caractères enregistrés seront analysés individuellement. Puis l’étudiant-e utilisera des modèles multivariés pour estimer les corrélations génétiques entre les différents caractères.

Moyens : Le stage repose sur des données déjà acquises sur plusieurs milliers d’animaux et les outils utilisés à GenPhySE (R ou SAS, ASREML ou Wombat). Ce stage est financé par le GIS Avenir Elevages.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : agronomie.

Connaissances souhaitées : zootechnie, génétique quantitative.

Aptitudes recherchées : le ou la candidate doit avoir une aisance et une appétence pour les analyses de grands jeux de données.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation