Étude de la diversité naturelle du Peuplier noir en France afin de constituer une core collection nationale

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte :

L’aire de distribution naturelle du peuplier noir (Populus nigra L.) s’étend de l’Europe de l’Ouest à la Chine, comprenant également une étroite frange nord-africaine. La France constitue donc l’extrémité ouest de cette aire naturelle. P. nigra est une espèce longévive (200 ans et plus) dominante d’un habitat particulier, la ripisylve, et contribue fortement à la biodiversité remarquable que l’on peut rencontrer dans ces zones. Cette espèce est aussi reconnue pour son rôle d’épurateur naturel de nutriments, mais aussi pour son rôle dans la cohésion et la fixation des sédiments grâce à son système racinaire très développé. Le peuplier noir est une espèce dites « marqueur » du dynamisme du fleuve, car sa régénération se fait au travers de la colonisation d’espaces ouverts par les perturbations de la dynamique fluviale et est indispensable pour la protection et le maintien de cet écosystème. Cependant, au sein de son aire d’origine naturelle, et cela, depuis plusieurs siècles, le peuplier noir est sous la menace de l’extinction des populations naturelles et l’érosion génétique, répercussions des activités humaines.

Depuis 1971, un programme de conservation des ressources naturelles de cette espèce a été mis en place en France. Ce programme, dont le laboratoire BioForA est responsable, compte plus de 2200 individus originaires de 64 populations naturelles sur l’ensemble des bassins versant de France. La description de la diversité génétique de l’espèce a été menée à l’aide de marqueurs moléculaires neutres (marqueurs microsatellites nucléaires, SNP) et de caractères adaptatifs à partir d’observations in situ ou de dispositifs de pépinière (ex: phénologie de floraison et de feuillaison). Enfin, une grande collection de photos standardisées d’une partie de ces individus est disponible.

L’objectif de ce projet sera de constituer une collection nationale représentative de la diversité nationale (core collection). Pour cela, le travail proposé dans ce stage sera réalisé en deux phases. En première partie, le/la stagiaire sera chargé de rassembler, homogénéiser et analyser les données moléculaires et phénotypiques acquises depuis plus de 20 ans sur 2200 individus de 64 populations naturelles. Il/elle réalisera  des analyses descriptives des caractères de chaque population et ainsi que des analyses de génétique des populations. Un travail d’analyse d’images, dans le but d’acquérir de nouveaux phénotypes morphologiques, est également réalisable par le/la stagiaire en fonction de l’avancement du projet. La seconde phase du travail sera alors d’initier le travail de sélection et d’échantillonnage des individus et populations représentatif de la diversité naturelle afin de proposer au programme de conservation des scenarii de core collection nationale.

Formations et compétences recherchées

Niveau bac+5, stage de Master II, 3ème année d’Ingénieur avec une formation en biologie  et/ou génétique des populations et/ou écologie. Ce travail nécessitera l’utilisation de langages de programmation (R) pour la manipulation et l'analyse statistique 1des données. La curiosité, de bonnes capacités de communication tout comme une capacité à travailler en collaboration interdisciplinaire seront essentielles.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation