Stage OT-22236

Impact de l'âge et du mode d'élevage (cage / sol) sur le méthylome sanguin chez la poule.

31326 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le changement climatique, les contraintes économiques et les préoccupations sociales pour une agriculture durable influencent fortement les systèmes de production animale. La volaille contribue pour une part majeure aux protéines accessibles pour l'alimentation humaine partout dans le monde. Les œufs sont l'une des sources les plus abordables de protéines animales, de graisses et de micronutriments dans le régime alimentaire humain. Avec la croissance actuelle de la population humaine (de >7 milliards aujourd'hui à >9 milliards en 2050), ils joueront un rôle nutritionnel important. Face à cette demande croissante, la production d'œufs devrait passer de 75 millions de tonnes à plus de 100 millions de tonnes en 2050 [1]. Pour relever ce défi, les systèmes de production d'œufs doivent être améliorés de manière durable, c'est-à-dire rentables, socialement responsables et respectueux de l'environnement. Pour améliorer l'efficacité et la durabilité des systèmes, les principales entreprises internationales d'élevage de poules pondeuses, en collaboration avec la communauté scientifique, proposent notamment d'allonger le cycle de ponte de 60-70 semaines (durées de carrière typiques) à plus de 90 semaines (en cage ou sans cage) [2;3] tout en maintenant la production et la qualité des œufs. Cet allongement de la période de ponte représente un gain économique significatif, car des cycles de ponte plus longs contribuent à amortir la période improductive, une poule commerciale pondant son premier œuf à ~18-20 semaines, et à augmenter le nombre d'œufs vendables par poule, il réduit d'un tiers la taille des groupes, donc le nombre de poules sacrifiées à la fin de la période de production et le nombre de poussins mâles (non utilisés pour la production) tués à l'âge d'un jour. Enfin, la réduction du nombre de poules pondeuses réduit les besoins en aliments et les coûts environnementaux associés. De plus, le système d’élevage choisi, en cage ou au sol, porte actuellement un intérêt important pour une portion des consommateurs soucieux du bien-être animal. En effet, il est attendu que des poules au sol expriment plus de comportements naturels que leurs congénères en cage, par exemple en picorant, en grattant, limitant ainsi le risque d’interactions sociales négatives (coups de bec) et les risques associés en termes de survie [4].

 

1- Alexandratos, Bruinsma. 2012. FAO. ESA Work pap. 131.

2- Bain et al. 2016. Br Poult Sci. 57. 330.

3- Preisinger. 2018. Br Poult Sci. 59. 1.

4- Finke et al. 2024. Annals of Applied Biology.

 

Vous serez accueilli(e) au sein de l'équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) du laboratoire GenPhySE d'INRAE, qui a pour thématique majeure la caractérisation des causes moléculaires de la variabilité des caractères chez les animaux domestiques. L'équipe est constituée de 7 chercheurs et 6 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires, doctorants et post-doctorants (4 thèses et 3 post-docs en cours). L'étudiant.e pourra s'appuyer sur les compétences en bioinformatique et statistique présentes au sein de l'équipe et du laboratoire. Il travaillera en outre dans un environnement propice à l'analyse de données haut-débit, en particulier grâce à la proximité des équipes bioinformatique de la plate-forme Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/) et Sigenae (www.sigenae.org), auprès desquelles il/elle trouvera un soutien efficace si nécessaire. Des interactions avec l’équipe GGA (Génétique et Génomique Avicole) de PEGASE (Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage) et AgroCampus Ouest (Rennes), spécialistes de la génétique et de la biologie aviaire, sont envisagées pour contribuer à l’interprétation biologique des résultats de cette étude.
 

Le sujet de stage s'inscrit dans le cadre du programme ANR EFFICACE (ANR-13-ADAP-0014-03) et du programme européen H2020 GEroNIMO (https://www.geronimo-h2020.eu/). Nous proposons d'utiliser les méthodes génomiques actuelles pour étudier l'évolution du méthylome au cours de cet allongement de carrière (entre 70 et 90 semaines) et pour observer l'effet de l'élevage en cages ou au sol sur le méthylome des poules. Des mesures de performance et des indicateurs physiologiques, combinés à des données transcriptomiques, sont en cours d'analyse pour identifier les voies de régulation du vieillissement et de l'adaptation à un type d'élevage particulier. Dans ce cadre, le stage complétera ces travaux par une analyse des marques épigénétiques des 1200 échantillons disponibles. Vous vous appuierez sur des données de méthylation obtenues par RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) : une fraction de l'ADN génomique est séquencée (Illumina NovaSeq Xplus) après traitement au bisulfite de sodium, permettant l’identification des marques de méthylation de l’ADN.

 

Vous serez plus particulièrement en charge de :

  • l’analyse des données de méthylation produites grâce aux pipelines bioinformatiques et biostatistiques ayant été développées au laboratoire.
  • cette analyse vise à comprendre l'effet de l'environnement en début de vie, et de l'âge, sur le méthylome des individus.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)
  • Formation recommandée :  Master en biologie, génétique, bioinformatique; école d’ingénieur agronomie
  • Connaissances souhaitées :

              - Intérêt pour la génétique animale, l’épigénétique, l’évolution des systèmes d’élevage

              - Intérêt pour la statistique, la bioinformatique (logiciel de statistique R, ligne de commande, serveur de calcul)

              - Travail d’équipe

 

  • Expérience acquises durant le stage :

              - Analyse de données de séquençage haut-débit (méthylome, transcriptome)

              - Utilisation, et développement si nécessaire, de scripts bioinformatiques pour le traitement de gros fichiers de données

              - Utilisation de bases de données génomiques

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

Référence de l'offre

  • Contrat : Stage
  • Durée : 6 mois
  • Début du contrat : 06/01/2025
  • Rémunération : 4.35 €/heure (35h par semaine)
  • N° de l'offre : OT-22236
  • Date limite : 01/10/2024

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