Bio informaticien-ne

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La plateforme GeT-PlaGe propose depuis 22 ans ses services dans le domaine de la Génomique à l’ensemble de la communauté scientifique nationale dans les domaines de l’agronomie, l’environnement et l’écologie.

Positionnée sur des technologies innovantes et front de sciences en séquençage, la plateforme dispose des toutes dernières technologies et méthodologies disponibles dans son domaine.

 Vous rejoindrez une équipe impliquée et dynamique de 30 personnes.

Sous la responsabilité de la Directrice de la plateforme et de la responsable de l’équipe de bio informatique et bio analyse, vous serez en interaction forte avec les personnels de l’équipe de biologistes. GeT-PlaGe utilise exclusivement l’infrastructure de stockage et de calcul de la plateforme bioinformatique, avec qui des interactions régulières sont prévues.

Votre mission prinicipale sera de valider la qualité des données issues des technologies de séquençage présentes sur la plateforme. 

Les missions et activités qui vous incomberont seront de:
 

• Gérer les données brutes issues du séquençage nouvelle génération (NGS).
• Participer au suivi des analyses qualité des données NGS avec l’équipe de biologistes.
• Former/assister l'équipe de biologistes NGS dans l'utilisation des outils pour l'analyse qualité.
• Résoudre les problèmes ou participer à la résolution liée aux analyses qualité en lien avec l'équipe de biologistes.
• Rédiger les documentations d’utilisation des outils informatiques ou bio-informatiques mis en place et former les utilisateurs.
• Participation à la mise en place des développements nécessaires pour le flux des données brutes.

RAS

Formations et compétences recherchées

Vous devrez être titulaire à minima d’un BAC+3

Une expérience sur une plateforme, en séquençage à haut débit, est un plus.

 

Compétences souhaitées :

• Langages : Python, Perl, shell, java, javascript
• Base de données : MySQL, PostgreSQL, MongoDB
• Systèmes d’exploitation : Linux, windows
• Cluster de calcul : Slurm
• Environnements de travail : Gitlab, Git
• Des notions en biostats seraient un plus

Vos compétences opérationnelles :

• Apporter des réponses à des besoins spécifiques.
• Rédiger la documentation pour les utilisateurs.
• Accompagner et conseiller.
• Gérer un référentiel technique.
• Assurer une veille.

Vos compétences comportementales:

• Autonomie / Confiance en soi
• Capacité d'adaptation
• Rigueur / Fiabilité

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation