Thèse OT-22133

Thèse "Développement de marqueurs fluorescents chez Bacillus cereus pour mieux prédire l'impact de perturbations sur sa résistance et sa virulence dans les produits laitiers"

84914 AVIGNON

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’offre de thèse s’inscrit dans le cadre du projet FluoPath financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) sur la période avril 2024-mars 2028. Ce projet réunit 7 partenaires dont 4 laboratoires de recherche académique (UMR PAM, UMR SECALIM, UMR SQPOV et LUBEM), 2 Instituts Techniques Agro-Industriels (AERIAL et ADRIA) et l’interprofession laitière (CNIEL).

La thèse, d’une durée de 3 ans, débutera en octobre 2024 et se terminera en septembre 2027. Elle a pour vocation de déterminer de nouveaux biomarqueurs (promoteurs induisant l'expression de gènes d'intérêt) couplés à un biosenseur fluorescent permettant d'acquérir de nouvelles connaissances de l'état physiologique de deux pathogènes (Listeria monocytogenes et Bacillus cereus) en milieux laitiers (lait, fromage modèle dilué et si possible fromage modèle solide) en lien avec l'impact de perturbations technologiques. In fine, ces connaissances combinées aux connaissances présentes dans la littérature scientifique seront utilisées pour améliorer les modèles de prédiction du risque microbiologique dans les produits laitiers.

Cette thèse est centrée sur les bactéries du groupe B. cereus, bactéries Gram+ sporulantes ubiquitaires de l’environnement réparties dans différents groupes phylogénétiques 1. Elles sont susceptibles de contaminer toutes les matières premières et les aliments au sein de la chaine d’approvisionnement et de transformation, et peuvent altérer leurs qualités organoleptiques, leur durée de conservation, voire représenter un risque sanitaire. En effet, certaines souches sont responsables de toxi-infections d’origine alimentaire se traduisant par des douleurs abdominales et des diarrhées (souches entéropathogènes), symptômes auxquels s’ajoutent des vomissements et des nausées (souches émétiques) dûs à la toxine émétique, le céréulide, synthétisée par les B. cereus du groupe III dans l’aliment et contaminant largement la viande, les œufs, le lait et les féculents.

L’objectif de cette thèse sera : 1) D’évaluer par RT-qPCR, l’expression de potentiels biomarqueurs connus liés à la production de toxines, à la virulence ou à la sporulation dans des souches émétiques. 2) D’identifier par RNA seq de nouveaux biomarqueurs pour des phénomènes moins étudiés (par exemple, la phase de latence2). 3) De construire une collection de mutants fluorescents (fusions transcriptionnelles entre les biomarqueurs d’intérêt et le gène codant la Green Fluorescent Protein). Ces mutants seront exposés à divers stress en milieu lait, voire fromage et leurs performances caractérisées par cytométrie de flux et microscopie à fluorescence.

Approches mises en œuvre :

Génétique et physiologie microbiennes pour l’identification de gènes candidats et la construction des souches mutantes.

Microscopie à fluorescence et cytométrie de flux pour l’étude du comportement des mutants à l’échelle de la cellule unique.

Equipes :

SporAlim au sein de l’unité SQPOV (Sécurité et Qualité des Produits d’Origine Végétale). SQPOV est une UMR composée de 70 agents en moyenne (permanents et non-permanents), avec 2 tutelles (Avignon Université et INRAE), hébergée par l’INRAE et classée en zone à régime restrictifs (ZRR). (https://www6.paca. inrae.fr/sqpov/Equipes-Personnes/SporAlim). Le/la doctorant(e) sera amené(e) à manipuler des bactéries pathogènes de classe 2.

LUBEM au sein de l’Université de Bretagne Occidentale (Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne). Le LUBEM est  une  unité de recherche composée de 50 agents en moyenne (permanents et non permanents), de l’Université de Bretagne Occidentale. Le LUBEM est également une unité sous contrat INRAe (https://www.univ-brest.fr/lubem/).

Le projet ANR FluoPath assure le financement du doctorant. Les conditions scientifiques, matérielles et financières pour la réalisation du projet de recherche sont mises en place dans les unités et équipes d’accueil. L’équipe SporAlim possède des laboratoires très bien équipés pour la microbiologie aérobie et anaérobie (dont des réacteurs), un laboratoire pour manipuler des germes pathogènes de classe 2, un laboratoire de biologie moléculaire et de biochimie, ainsi qu’un microscope à épifluorescence couplé à un système d’analyse d’images. Les tests de cytométrie en flux seront réalisés au LUBEM. Le (la) doctorant(e) aura accès à une formation par un personnel qualifié et aux ressources informatiques et bibliographiques des UMR SQPOV et LUBEM.

1 Guinebretière, M.-H. et al. Ecological diversification in the Bacillus cereus Group. Environ Microbiol 10, 851–865 (2008) doi: 10.1111/j.1462-2920.2007.01495.x .

2 Français M, Carlin F, Broussolle V, Nguyen-Thé C. Bacillus cereus cshA Is Expressed during the Lag Phase of Growth and Serves as a Potential Marker of Early Adaptation to Low Temperature and pH. Appl Environ Microbiol. 2019 Jul 1;85(14):e00486-19. doi: 10.1128/AEM.00486-19. PMID: 31076436; PMCID: PMC6606889.

 

La thèse sera réalisée au sein des laboratoires académiques UMR SQPOV (Avignon) et LUBEM (UBO Quimper) selon un calendrier qui n’engagera pas l’étudiant·e à se déplacer régulièrement entre les 2 villes du fait de leur éloignement géographique (les frais de déplacements seront à la charge des laboratoires d’accueil).

Obligation de neutralité et principe de laïcité : Les agents publics, titulaires ou contractuels mais également les stagiaires, qu’ils soient ou non au contact des usagers, doivent respecter l’obligation de neutralité. A ce titre ils ne doivent pas, dans l’exercice de leurs fonctions, manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques, tant à l’égard des usagers que vis-à-vis de leurs collègues, ni faire prévaloir leur préférence pour une religion.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Le/la candidat(e) sera issu(e) d’un Master 2 en microbiologie ou d’un diplôme équivalent (école d’ingénieur).
Il/elle doit avoir une formation solide en biologie moléculaire, biochimie et génétique microbienne. La maîtrise du français sera appréciée et un niveau en anglais scientifique avancé est attendu.

Compétences recherchées : curieux/se, assidu/e, capacité à monter et réaliser des expériences bien conçues, bonnes capacités de présentation, capacité à travailler en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 3 ans
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : 2 044.12 € brut mensuel (avec revalorisation progressive jusqu’à 2300€ brut en 2026, selon les dispositions de l’arrêté du 26/12/2022)
  • N° de l'offre : OT-22133
  • Date limite : 15/07/2024
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