Master Bioinformatique Parcours BIMS

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’apprenti(e) sera intégré(e) au plateau bioinformatique de l’unité BIOGER composé de 2 permanents et sera considéré(e) comme un membre à part entière du plateau. L’apprenti(e) sera formé(e) au métier d’ingénieur bioinformaticien en développant les compétences nécessaires aux activités et missions d’un tel poste dans le cadre d’un laboratoire de recherche. L’apprenti(e) accompagnera le plateau dans l’évolution de ses pratiques en analyses de données de population de phytopathogène en participant à la mise en place d’outils d’analyse et de visualisation de graphes de pangénomes (PGG). Les missions qui lui seront confiées sont:

- L’établissement de PGG sur les modèles Z. tritici et P. oryzae, en utilisant des génomes complets.
- La validation de l’évolutivité du graphe en incorporant progressivement de la variabilité par ajout de nouveaux génomes ou régions spécifiques. 
- L’utilisation de populations d’isolats prélevés au champ et séquencés en short-reads dans le but de réaliser l’identification des variants à partir des graphes de pangénomes. Validation des résultats en comparaison avec des résultats de GWAS disponibles dans l’unité.
- La mise en place d’un protocole de suivi d’allèles ou de régions génomiques à partir du PGG.
- Proposer des rendus / visualisation des structures PGG.
- Partager / expliciter l’approche PGG comme nouvelle approche

La réalisation progressive de ces missions lui permettra d’acquérir de nouvelles connaissances / compétences grâce à l’encadrement des membres du plateau bioinformatique et bénéficiera aux équipes de l’unité et aux autres partenaires de projets.
L’apprenti(e) bénéficiera d’échanges avec les réseaux bioinformatiques et techniques extérieurs à l’unité BIOGER. Les bioinformaticiens INRAE sont notamment regroupés dans différentes structures nationales appelées CATI. Il, elle participera aux réunions du CATI BARIC, exposera son travail aux autres membres et pourra participer aux évènements inter-CATI comme les hackathons. 
Plusieurs projets obtenus par le plateau bioinformatique : PANANNOT (SAPI) et GraPanPhy (IB SPE), permettront d’assurer des moyens de fonctionnement à l’apprenti(e), incluant l’achat de matériel informatique et le défraiement de missions pour participer à des réunions de projet et des colloques scientifiques. Dans ce cadre, l’apprenti(e) sera amené(e) à communiquer sur son travail et ses résultats, expliciter/justifier ses approches, rédiger les supports de présentation. Cela pourra se faire en français ou anglais selon le public concerné.
Le travail de l’apprenti(e) se fera exclusivement sur ordinateur.

Formations et compétences recherchées

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation