Thèse OT-21955

Thèse : Sélection génomique chez Miscanthus sinensis

80200 Estrées-Mons

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La thèse se déroulera au sein d’une Unité Mixte de Recherche (UMR) Transfrontalière (BioEcoAgro, https://www.bioecoagro.eu/umrt-bioecoagro_fre/) dont l'objectif général est l'ingénierie biologique pour une agriculture et une alimentation durable. Votre travail se rattachera au premier des trois pôles de l'UMR qui contribue au développement de systèmes de culture innovants pour la transition agro-écologique et bioéconomique dans le contexte du changement climatique. Vous serez intégré-e à une équipe de recherche s'intéressant au fonctionnement et l’adaptation de la plante en interaction avec son environnement. Cette équipe étudie le déterminisme génétique des traits liés à la production de biomasse chez le miscanthus et à sa valorisation en bioéconomie et en services écosystémiques. L’encadrement de la thèse sera assuré par Maryse HULMEL. Vous serez amené-e à travailler sur le site INRAE d’Estrées-Mons.

Résumé du sujet :

Le miscanthus, plante pérenne à rhizome, présente un intérêt croissant en France pour une production de biomasse et sa valorisation en bioéconomie et en services écosystémiques. Cependant, la culture française repose sur une seule variété en France, ce qui est risqué au moindre aléa du milieu et nécessite donc le développement de nouvelles variétés. Des travaux récents de l’équipe ont mis en évidence une augmentation de l'héritabilité avec le temps pour la plupart des caractères d’intérêt (Raverdy et al., 2022), ce qui contribue à allonger le cycle de sélection.

Dans ce contexte, l'objectif principal de la thèse est de développer la sélection génomique chez M. sinensis afin de raccourcir son cycle de sélection. La sélection génomique permet de prédire les performances d'individus non phénotypés à partir de la connaissance de leurs génotypes pour de nombreux marqueurs moléculaires. Appliqué au miscanthus, ceci permettra de prédire les performances à l'âge adulte à partir des génotypes de marqueurs moléculaires déterminés à l'âge jeune, permettant ainsi de raccourcir le cycle de sélection.

Des données de caractères liés à la production de biomasse aérienne et à sa composition sont disponibles sur deux populations de Miscanthus sinensis. La mise en œuvre de la sélection génomique sera facilitée par les avancées récentes en matière de génotypage qui ont été appliquées sur ces populations et pour lesquelles des marqueurs SNP (single nucleotide polymorphism) ont été obtenus en très grand nombre par l'utilisation d'une approche de génotypage par séquençage (GBS). L’ensemble de ce travail devrait permettre de disposer en sélection d’outils de prédiction de caractères d’intérêt.

Laboratoire d’accueil

INRAE - Unité Mixte de Recherche transfrontalière BioEcoAgro - Site d’Estrées-Mons - 80200 Péronne

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Compétences dans les domaines de la génétique, génétique quantitative et/ou amélioration des plantes. Une première expérience ou un goût pour la modélisation, l’utilisation d’outils de traitement et d’analyse de données tels que R est un plus sans être indispensable.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Envoyer à Maryse HULMEL (maryse.hulmel@inrae.fr) un CV et un texte libre pour exposer vos motivations et argumenter votre candidature

– Date limite de candidature : 15 juin 2024

– L’analyse des candidatures sera effectuée dans la deuxième quinzaine de juin, avec un probable démarrage de la thèse à l’automne.

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : 2100€ brut/mois
  • N° de l'offre : OT-21955
  • Date limite : 15/06/2024
Le centre Hauts-de-France

UMRT BioEcoAgro 80200 Estrées-Mons

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