Thèse OT-21923

PhD - IDENTIFICATION ET ÉTUDE FONCTIONNELLE DE FACTEURS DE SALMONELLA ENTERITIDIS IMPLIQUÉS DANS LA COLONISATION, LA MULTIPLICATION ET LA PERSISTANCE CAECALE

37380 Nouzilly

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR1282, Infectiologie et Santé Publique, dans l'équipe MiMoSa (Microbiote, Monogastriques et Salmonelles) qui par des approches multidisciplinaires décrypte la pathogénèse de Salmonella. Le poste est disponible pour 36 mois.

Résumé et description du project : Salmonella enterica est une bactérie pathogène ubiquiste et zoonotique capable de coloniser de nombreuses niches écologiques. Ce pathogène zoonotique majeur a été responsable en 2021 de 30% des toxi infections alimentaires collectives (TIAC) en Europe près de 60% de ces cas de salmonelloses étant causés par le serovar S. Enteritidis (SE) (1). La principale source de contamination de la chaine alimentaire humaine concerne les produits de la filière avicole (viande, œufs et ovoproduits). En effet, SE a la capacité remarquable de coloniser, de se multiplier à haut niveau dans les caeca de volaille et d’y persister, contaminant ainsi les carcasses et les œufs (2). La prévention des TIAC chez le consommateur est devenue une préoccupation nationale et européenne. La réduction de la prévalence des salmonelles chez les volailles constitue le moyen le plus efficace pour réduire la contamination des aliments et le nombre de cas humains de salmonelloses. Néanmoins, alors que les mécanismes de virulence de Salmonella sont aujourd’hui bien décrits, les mécanismes de colonisation au niveau caecal restent peu étudiés. Le projet de thèse proposé a pour objectif de d'identifier et d'étudier les mécanismes mis en place par SE pour s’implanter si facilement dans les caeca et y persister. L'identification des facteurs de SE incriminés dans ces phénotypes s'effectuera par la méthodologie TnSeq (3,4). Pour cela, des criblages d'une banque transpositionnelle à haute densité d’une souche de SE ont été réalisés in vitro dans du contenu caecal aviaire en présence et en absence de microbiote. Des criblages seront à réaliser in vivo dans un modèle aviaire original, par inoculation de la banque transpositionelle directement un caecum par chirurgie, afin de cibler le compartiment visé et de contourner les limitations rencontrées in vivo. L'analyse combinée de ces criblages permettra d'identifier les gènes de Salmonella qui influent positivement ou négativement sur sa multiplication et sa persistance dans les caeca et générera des hypothèses mécanistiques à valider.

Objectif : L’objectif de cette thèse est d’identifier les facteurs bactériens impliqués dans les mécanismes de colonisation, de multiplication et de persistance de Salmonella au niveau caecal et d’en réaliser l’étude fonctionnelle. Notre ambition est de mieux comprendre le dialogue entre S. Enteritidis, l’épithélium caecal et le microbiote caecal. Les connaissances fondamentales générées sur la fitness et l’adaptabilité de S. Enteriditis chez le poulet pourront implémenter des projets appliqués pour le contrôle de S. Enteriditis en filière avicole, comme par exemple le développement de probiotiques de nouvelle génération qui empêcheraient/réduiraient par exclusion l’implantation de Salmonella.

Vous participerez donc à :

  • un criblage de la banque transpositionelle in vivo chez le poussin
  • L’analyse bio-informatique des données du séquençage in vitro (déjà disponibles) et in vivo (à acquérir)
  • L’analyse croisée des résultats des différents criblages afin d’obtenir des listes de gènes impactés (avantagés ou désavantagés), spécifiques ou au contraire communs aux différentes conditions testées (absence ou présence du microbiote en contact direct ou indirect, contact avec l’hôte)
  • L’analyse in silico et bibliographique pour établir des hypothèses mécanistiques
  • La validation de l’implication de certains gènes dans la multiplication in vitro en contenu caecal (construction des mutants et mutants complémentés puis suivi de croissance)
  • L’impact des mutations sur la colonisation, multiplication et persistance in vivo de Salmonella (expérimentation animale dans un modèle de portage asymptomatique chez la volaille)
  • La régulation des mécanismes (insertion de gènes rapporteurs et suivi de l’expression afin de déterminer l’induction/répression spatio-temporelle des voies sélectionnées).

Vous serez supervisé(e) par Catherine Schouler, PhD, DR – Bactériologiste moléculaire

References :

  1. EFSA, 2022. The European Union One Health 2021 Zoonoses Report. Efsa Journal 20 (12): e07666.
  2. Kempf, F., Menanteau, P., Rychlik, I., Kubasova, T., Trotereau, J., Virlogeux-Payant, I., Schaeffer, S., Schouler, C., Drumo, R., Guitton, E., Velge, P., 2020. Gut microbiota composition before infection determines the Salmonella super- and low-shedder phenotypes in chicken. Microb Biotechnol 13, 1611-1630
  3. Solaimanpour, S., Sarmiento, F., Mrazek, J., 2015. Tn-Seq Explorer: a tool for analysis of high-throughput sequencing data of transposon mutant librairies. PLoS ONE 10(5): e0126070.
  4. Van Opijnen, T., Camilli, A., 2013. Transposon insertion sequencing: a new tool for systems-level analysis of microorganisms. Nat Rev Microbiol 11, 435-442.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

  • un criblage de la banque transpositionelle in vivo chez le poussin
  • L’analyse bio-informatique des données du séquençage in vitro (déjà disponibles) et in vivo (à acquérir)
  • L’analyse croisée des résultats des différents criblages afin d’obtenir des listes de gènes impactés (avantagés ou désavantagés), spécifiques ou au contraire communs aux différentes conditions testées (absence ou présence du microbiote en contact direct ou indirect, contact avec l’hôte)
  • L’analyse in silico et bibliographique pour établir des hypothèses mécanistiques
  • La validation de l’implication de certains gènes dans la multiplication in vitro en contenu caecal (construction des mutants et mutants complémentés puis suivi de croissance)
  • •L’impact des mutations sur la colonisation, multiplication et persistance in vivo de Salmonella (expérimentation animale dans un modèle de portage asymptomatique chez la volaille)
  • La régulation des mécanismes (insertion de gènes rapporteurs et suivi de l’expression afin de déterminer l’induction/répression spatio-temporelle des voies sélectionnées).

Conditions particulières d'activité :

Un aspect crucial de ce poste est la mise en place et la réalisation d'expérimentations animales, principalement sur l'espèce poule. Par conséquent, nous recherchons une personne ayant une expérience ou une volonté de s'investir dans ce domaine.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandéeMaster 2 (Bac +5) en microbiologie

Connaissances souhaitées : physiologie bactérienne

Expérience appréciée : travail en laboratoire L2 en bactériologie infectieuse, biologie moléculaire

Aptitudes recherchées : motivé(e) et passionné (e) par la recherche en bactériologie infectieuse dans un contexte OneHealth, curieux/se, appétence pour la bioinformatique, bonnes compétences en communication écrite et orale, en français et en anglais; capacité à gérer efficacement les données expérimentales, à analyser les résultats et à présenter des conclusions claires; aimer le travail en équipe tout en ayant un degré d'autonomie, être flexible pour s'adapter à un environnement de recherche dynamique et collaboratif

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Envoyez un PDF combiné avec une lettre de motivation expliquant pourquoi vous souhaitez rejoindre l'équipe de recherche MiMoSa et ce projet de recherche (max 2 pages), un CV, votre relevé de Master et 2 noms de référents et leurs emails

Par e-mail : catherine.schouler@inrae.fr (she/her) et Jerome.trotereau@inrae.fr (he/him)

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : 2100 € brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-21923
  • Date limite : 31/05/2024
Le centre Val de Loire

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