Thèse - Rôle des métaux dans l'interaction hôte pathogène

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'équipe MiMoSa (Microbiote, Monogastriques et Salmonelles) constituée d’experts en pathogénicité des Salmonelles et en interactions hôte-pathogène. Le poste est disponible pour 36 mois

Résumé et description du project: Salmonella est une source d’infection zoonotique, principalement par des contaminations alimentaire lié aux œufs, à la viande de poulet et de porc. (1). Lors d’une infection, le macrophage est l’une des premières cellules immunitaires à être activée et utilise un large arsenal pour contenir et éliminer les pathogènes (2). Malheureusement, Salmonella, comme de nombreux pathogènes, a évolué afin de survivre dans les cellules de l’hôte.  Ainsi, il peut rester quiescent dans les macrophages et les utiliser comme réservoir et comme protection contre les antibiotiques. Il est donc crucial d’identifier des nouvelles voies antimicrobiennes qui pourraient être « boosté » et favoriser une meilleure réponse immunitaire. Récemment nous avons identifié, dans les macrophages, une réponse antibactérienne qui utilise un excès de zinc pour empoissonner les bactéries intracellulaires (3-5). Ce mécanisme doit d’abord être entièrement caractérisé avant de pouvoir être utilisée comme arme antibactérienne.

Objectifs: L’objectif de cette thèse est donc 1) d’identifier des gènes-clés dans la résistance et l’échappement aux métaux de transition; 2) de caractériser les mécanismes antimicrobiens dans le macrophage qui utilisent le zinc ; 3) de contribuer à l’élaboration de nouveaux outils qui faciliteront l’étude du rôle du zinc dans la réponse antimicrobienne. L’optique de cette thèse est donc de mieux comprendre ce mécanisme lié à la toxicité du zinc et permettre d’améliorer l’immunité innée des animaux de rente et de l’Homme.

Vous participerez donc à:

• la mise au point d’une approche mêlant à la fois séquençage RNA (RNA-seq) et un criblage d’une banque transpositionnelle à haut-débit (Tn-seq). Nous utiliserons également des rapporteurs fluorescents en microscopie confocale pour valider nos résultats.
• La caracterisation de la réponse antimicrobienne utilisant le zinc chez l’hôte, en particulier chez le poulet qui est un animal porteur asymptomatique de Salmonella.
• L’identification d’inhibiteur potentiels des transporteurs du zinc chez l’hôte par l’utilisation de librairies de peptides.

Vous serez supervisé(e) par:

• Ronan Kapetanovic, PhD, DR – Expert en intégration hôte-pathogène, macrophages, réponse antimicrobienne
• Isabelle Virlogeux-Payant, PhD, DR – Experte en bactériologie et les mécanismes de virulence de Salmonella, en particulier les mécanismes d’interaction avec les cellules hôte.

References:

1. Coburn B, Grassl GA, Finlay BB: Salmonella, the host and disease: a brief review. Immunol Cell Biol 2007, 85(2):112-118.
2. Stocks CJ, Schembri MA, Sweet MJ, Kapetanovic R: For when bacterial infections persist: Toll-like receptor-inducible direct antimicrobial pathways in macrophages. J Leukoc Biol 2018, 103(1):35-51.
3. von Pein JB, Stocks CJ, Schembri MA, Kapetanovic R, Sweet MJ: An alloy of zinc and innate immunity: Galvanising host defence against infection. Cell Microbiol 2021, 23(1):e13268.
4. Kapetanovic R, Bokil NJ, Achard ME, Ong CL, Peters KM, Stocks CJ, Phan MD, Monteleone M, Schroder K, Irvine KM et al: Salmonella employs multiple mechanisms to subvert the TLR-inducible zinc-mediated antimicrobial response of human macrophages. FASEB J 2016, 30(5):1901-1912.
5. Stocks CJ, Phan MD, Achard MES, Nhu NTK, Condon ND, Gawthorne JA, Lo AW, Peters KM, McEwan AG, Kapetanovic R et al: Uropathogenic Escherichia coli employs both evasion and resistance to subvert innate immune-mediated zinc toxicity for dissemination. Proc Natl Acad Sci U S A 2019, 116(13):6341-6350.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 (Bac +5) en Immunologie ou Microbiologie.

- Expérience appréciée : Travaux antérieurs en BSL2 avec des pathogènes, compétences en bactériologie et culture cellulaire, expérience en bioinformatique serait un plus, capacité à travailler avec succès dans un environnement collaboratif et inclusif

- Compétences recherchées : curieux/se, assidu/e, capacité à monter et réaliser des expériences bien conçues, bonnes capacités de présentation

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

 

Envoyez un PDF combiné avec une lettre de motivation expliquant pourquoi vous souhaitez rejoindre l'équipe de recherche MiMoSa et ce projet de recherche (max 2 pages), un CV, votre relevé de Master et 2 noms de référents et leurs emails

 By e-mail:  ronan.kapetanovic@inrae.fr