Thèse OT-21869

Efficacité de la sélection génétique pour la résistance au parasitisme chez les ovins face à la résistance aux traitements antiparasitaires et au changement climatique

31326 - Castanet-Tolosan

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE à Castanet-Tolosan où vous étudierez la thématique de la résistance génétique des ovins au parasitisme gastro-intestinal, en collaboration avec l’UMR IHAP située à l’école nationale vétérinaire de Toulouse.

Les parasites gastro-intestinaux présents sur les pâtures occasionnent des pertes de production importantes chez les petits ruminants et représentent ainsi une contrainte majeure pour développer ou maintenir le pâturage dans les élevages. Au cours des dernières années, l’émergence de parasites multi-résistants aux principales molécules anthelminthiques s’est accélérée. Ce phénomène soulève désormais un besoin pressant de mettre en place des solutions alternatives aux traitements chimiques systématiques, dans une démarche de lutte intégrée. Parmi ces différentes solutions, la faisabilité de sélectionner des hôtes génétiquement résistants a été prouvée depuis les années 90. Ce levier encore peu exploité, pourrait-être particulièrement efficace pour réduire les effets néfastes du parasitisme sur la production et la contamination des prairies sur le long terme. En France, la sélection génétique pour la résistance des ovins est basée sur les réponses des béliers améliorateurs à des infestations artificielles dans les centres de sélection1. Ce processus repose alors sur l’hypothèse que la résistance à des infestations réalisées à partir de souches de parasites sensibles aux traitements et en conditions contrôlées en bergerie est génétiquement proche de la résistance à des infestations naturelles en conditions d’élevages moins contrôlées. C’est ce que de premiers travaux ont confirmé dans des élevages laitiers de brebis Manech Tête Rousse2. Cependant, une réévaluation de cette hypothèse est nécessaire compte tenu de la propagation de souches multi-résistantes et de l’accroissement des contraintes alimentaires liées aux changements climatiques. Dans cet objectif, votre thèse visera à répondre à deux questions principales : (i) la résistance génétique sélectionnée est-elle efficace face à une souche parasitaire résistante a priori plus virulente et/ou dans des conditions d’alimentation limitantes ? (ii) quelle est à l’échelle d’un troupeau l’efficacité d’une utilisation de béliers génétiquement résistants face aux risques d’exposition à des parasites résistants et/ou à des périodes de sous-alimentation ? Vous traiterez la première question à partir d’une expérimentation d’infestation artificielle d’agnelles issues de sélection divergente pour la résistance à Haemonchus contortus. Pour étudier la seconde question, vous utiliserez une approche de simulation à l’aide d’un modèle mathématique d’un troupeau ovin laitier exposé aux infestations naturelles au pâturage. Les données expérimentales produites vous serviront à la calibration du modèle utilisé par la suite. Cette thèse vous formera à différentes méthodologies de recherche (analyse de données, modélisation, expérimentation) et à plusieurs disciplines (génétique, parasitologie, pratiques d’élevages). Enfin, vos travaux auront une forte dimension appliquée puisqu’ils s’inscriront dans un projet en cours porté par des centres de sélection de races ovines locales pour favoriser l’amélioration de nouveaux caractères d’intérêt agro-écologique.

1 Moreno-Romieux C. et al. 2017. INRA Prod Anim;30: 47–56. doi:10.20870/productions-animales.2017.30.1.2231
2 Aguerre S. et al. 2018. Veterinary Parasitology;256: 16–23. doi:10.1016/j.vetpar.2018.04.004

Vous serez plus particulièrement en charge :

  • du suivi de l’expérimentation, de participer aux mesures et à l’analyse des échantillons
  • de l’analyse statistique des données expérimentales, de leur interprétation et de leur valorisation
  • de la calibration d’un modèle mathématique à partir de données expérimentales
  • de la réalisation de simulations numériques

activité expérimentale, travail de bureau

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Agronomie, Vétérinaire ou Ecologie

Connaissances souhaitées : Biologie animale, Zootechnie, Modélisation mathématique

Expérience appréciée : Simulation numérique, Expérience en élevage

Aptitudes recherchées : Autonomie, Organisation, Polyvalence, Curiosité

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

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Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/09/2024
  • Rémunération : 2100 euros au 01/09/2024
  • N° de l'offre : OT-21869
  • Date limite : 01/09/2024

Contact

DOUHARD Frédéric
frederic.douhard@inrae.fr
JACQUIET Philippe
philippe.jacquiet@envt.fr
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