Mission temporaire OT-11679

Ingénieur-e d’études en bioinformatique

31326 CASTANET TOLOSAN

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité GeT-PlaGe propose depuis 19 ans ses services dans le domaine de la Génomique à l'ensemble de la communauté scientifique nationale dans les domaines de l’agronomie, l’ environnement et l’écologie. Elle est labellisée Infrastructure collective INRAe et fait partie de la future Infrastructure de Recherche de Génomique. Elle est membre de France Génomique (PIA).
Nous avons fait le choix depuis quelques années de nous positionner sur des technologies beaucoup plus innovantes et front de sciences. Les technologies et méthodologies développées sont parmi les premières disponibles en France dans notre domaine.

Vous rejoindrez une équipe dédiée de 30 personnes. Sous la responsabilité de la Directrice de la plateforme et de l’Ingénieur d’études responsable de l’équipe bioinformatique, vous serez en interaction forte avec les personnels des équipes impliquées dans les programmes utilisant les séquenceurs nouvelle génération.

Votre mission principale sera de vous assurer de la qualité des données issues des technologies présentes sur la plateforme plus spécifiquement PacBio.

Les missions et activités qui vous incomberont seront de :

  • Gérer les données brutes issues du séquençage nouvelle génération (NGS) des machines de PacBio Sequel 2 ainsi que les Illumina NovaSeq et MiSeq
  • Suivre les analyses qualité des données NGS
  • Participer à l’intégration et la validation de nouveaux protocoles
  • Former/assister l'équipe de biologistes NGS dans l'utilisation des outils pour l'analyse qualité
  • Résoudre les problèmes liés aux analyses qualité remontés par l'équipe de biologistes
  • Rédiger les documentations d’utilisation des outils mis en place et former les utilisateurs
  • Participer à l’intégration et la validation de nouvelles machines haut-débit
  • Développer de nouveaux composants/pipelines d’analyse nextflow
  • Assurer une permanence occasionnelle pour la continuité du suivi des réactifs dans les congélateurs.
  • Participer à la démarche qualité ISO9001-2015 et NFX50-900.
  • Participer à la vie de l’unité

Formations et compétences recherchées

Licence (Bac+3)

Vous devrez être titulaire a minima d’un BAC+3 bioinformatique.
Expérience souhaitée sur une plateforme dans la gestion des données de séquencage à haut débit.

Vos compétences opérationnelles :

  • Langages : Python, Perl, shell
  • Workflow : Nextflow, singularity
  • Base de données : MySQL, PostgreSQL
  • Cluster de calcul : Slurm
  • Environnements de travail : Eclipse, GIT
  • Des notions en biostatistiques seraient un plus
  • Savoir rendre compte de son activité, rédiger des rapports d'expériences, des notes techniques.
  • Transmettre des savoir-faire techniques en s'adaptant au public concerné.
  • Bonne maitrise de l’anglais

Vos compétences comportementales:

  • Autonomie
  • Une capacité de raisonnement analytique, sens critique
  • Le sens de l’innovation
  • Une capacité de conviction
  • Bon sens de l’organisation, rigueur et méthode
  • Sens relationnel, Aptitude au travail en équipe et à la communication
  • Appétence pour la technologie et le fonctionnement plateforme

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Mission temporaire
  • Durée : 12 mois renouvelables
  • Début du contrat : 01/09/2021
  • Rémunération : 2 033,73€ brut, évolue selon expérience
  • N° de l'offre : OT-11679
  • Date limite : 15/07/2021
Le centre Occitanie-Toulouse

US1426 GeT-PlaGe Génome et Transcriptome 31326 CASTANET TOLOSAN Site web