Ingénieur-e en développement d'outils pour l'évaluation génomique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales

Important : Ces postes sont ouverts exclusivement aux fonctionnaires et aux agents en CDI relevant des trois fonctions publiques.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), dont les recherches visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux pour analyser la construction des phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agroécologique. L'unité compte 115 permanents. Vous intégrerez une équipe pluridisciplinaire, spécialisée en génétique et génomique bovine (GBOS), regroupant des chercheurs et personnels techniques, travaillant sur des données à grande échelle issues de dispositifs expérimentaux et de terrain. L'unité est rattachée à l'Université Paris-Saclay et est membre de l'Institut Sciences Animales Paris-Saclay. Elle s'appuie sur un réseau de partenariat développé, avec les organismes professionnels de l'élevage, des centres de ressources, des plates-formes technologiques et des unités expérimentales.
Vous identifierez et vous vous approprierez les outils et logiciels existants et développerez les outils manquants permettant d'intégrer de nouvelles données dans l'analyse du déterminisme génétique des caractères et l'évaluation génomique, à des fins de recherche mais aussi d'évaluation génétique. Le poste s'inscrit dans un contexte d'augmentation rapide des données biologiques disponibles (génomes, microbiote, épigénétique, environnement), nécessitant le développement d'outils adaptés pour leur intégration dans les analyses génétiques. L'objectif est d'améliorer les méthodes d'évaluation génomique et de mieux prendre en compte les interactions génotype x milieu, intégrer l'information de l'annotation des variants, du microbiote et des méthylations. Ce poste présente un fort enjeu scientifique et appliqué : contribuer à rendre les méthodes de prédiction génétique plus précises et robustes, afin de soutenir l'amélioration durable des animaux d'élevage. Vous participerez ainsi à des travaux ayant un impact direct sur les pratiques d'élevage et les performances des filières.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Développement méthodologique et informatique
- Identifier et prendre en main les outils et logiciels existants
- Développer de nouveaux outils pour intégrer des données complexes (annotation des variants, microbiote, épigénétique, environnement)
- Mettre en œuvre des solutions adaptées à des volumes de données importants
Analyse de données et modélisation
- Exploiter des jeux de données variés (phénotypes, génotypes, pedigrees, données environnementales)
- Implémenter des évaluations génomiques intégrant différentes sources d'information
- Évaluer les performances des modèles en termes de précision des prédictions
Travail collaboratif et valorisation scientifique
- Collaborer avec les membres de l'équipe et les partenaires scientifiques et techniques
- Contribuer aux réflexions méthodologiques et aux projets de recherche de l'équipe

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation supérieure avec de solides compétences en génétique quantitative, génétique statistique, biostatistique ou bioinformatique.
Une première expérience en développement d'outils ou en analyse de données génétiques à grande échelle est souhaitée.
Savoir-faire :
- Maîtriser les méthodes de génétique quantitative et/ou statistique
- Développer des outils informatiques (langages tels que C, Fortran, R, SAS…)
- Mettre en œuvre des analyses d'association et des évaluations génomiques
- Gérer et analyser des bases de données complexes
Le poste nécessite la pratique de l'anglais à un niveau B2.
Savoir-être :
- Capacité à travailler en équipe et en interaction avec des partenaires
- Rigueur et sens de l'organisation
- Esprit d'analyse et de synthèse