Bio-informaticien-ne pour la génomique des arthropodes vecteurs

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales

Important : Ces postes sont ouverts exclusivement aux fonctionnaires et aux agents en CDI relevant des trois fonctions publiques.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l'unité ASTRE qui comprend plus de 100 agents permanents et se structure en différentes entités dont un « Collectif Vecteurs » comprenant 13 agents. Ceux-ci travaillent sur différents sites, dont une majorité à Montpellier sur des thématiques ou modèles d'entomologie médicale et vétérinaire, prioritaires pour le Sud et à risque pour le Nord : culicoïdes, moustiques, tiques et glossines. L'unité ASTRE est basée sur le campus de Baillarguet à Montpellier, dans un environnement scientifique performant avec 500 scientifiques sur le campus et des locaux et plateformes de qualité. L'objectif de l'unité ASTRE est d'améliorer la santé animale, la santé publique et la sécurité alimentaire au Sud, notamment dans le cadre des changements globaux et des transitions des socio-écosystèmes. L'enjeu majeur est de développer une approche intégrative de la santé. Les maladies à transmission vectorielle constituent une thématique prioritaire pour l'unité.
Vous rejoindrez une unité de recherche pluridisciplinaire reconnue pour ses travaux en santé animale et en santé publique, menés en lien étroit avec des partenaires académiques et institutionnels. Vous serez accueilli-e au sein d'un collectif de recherche dédié à l'étude des arthropodes vecteurs, réunissant biologistes, écologues et spécialistes des données, travaillant sur des modèles tels que les moustiques, les tiques et les moucherons. La mission s'inscrit dans un contexte de forte croissance des besoins en analyses de données issues de projets de recherche portant sur la dynamique et l'expansion de populations invasives, la compétence vectorielle, ainsi que l'étude des agents pathogènes et des microbiomes associés aux vecteurs. Ces travaux mobilisent des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique, de métatranscriptomique et de métabarcoding. Ce poste joue un rôle clé dans l'exploitation et la valorisation de jeux de données complexes, produits dans un contexte scientifique exigeant et collaboratif. Il contribue directement à la compréhension des mécanismes biologiques et écologiques impliqués dans les maladies à transmission vectorielle, en appui aux chercheurs et aux projets de l'unité.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Analyse et traitement de données biologiques
- Concevoir et organiser la collecte, la structuration et le traitement de données issues des sciences du vivant.
- Analyser des jeux de données génomiques et métagénomiques et contribuer à la résolution de problématiques bio-informatiques.
- Développer, adapter et déployer des pipelines et outils de traitement automatisés.
Appui méthodologique et scientifique
- Conseiller les équipes sur le choix des méthodes d'analyse lors du montage et de la conduite des projets scientifiques.
- Contribuer à la rédaction de protocoles, de documentations techniques et de sections spécialisées d'articles scientifiques ou de dossiers de financement.
- Assurer une veille scientifique et technologique et participer au transfert des connaissances au sein de l'unité.
Animation et formation
- Participer à la formation des membres de l'unité aux outils et méthodes bio-informatiques, en lien avec les autres spécialistes des données.
- Contribuer à l'harmonisation des pratiques et à la réflexion collective sur le développement de pipelines mutualisés.

Ce poste implique un travail prolongé sur écran, supérieur à quatre heures par jour.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes issu-e d'une formation dans les domaines de la bio-informatique, de la génomique, des sciences du numérique appliquées au vivant ou de disciplines connexes, avec des connaissances en biologie.
Une expérience en analyse de données biologiques ou en bio-informatique appliquée à des projets de recherche serait appréciée.
Savoir-faire :
- Analyser, structurer et traiter des données biologiques complexes.
- Mettre en œuvre des analyses bio-informatiques et bio-statistiques.
- Utiliser et développer des scripts et outils en Bash, R et Python.
- Travailler dans des environnements Unix et comprendre les architectures informatiques associées.
- Appliquer des méthodes de gestion de bases de données et des approches adaptées aux grands volumes de données.
- Rédiger des documentations techniques et contribuer à des actions de formation.
Savoir être :
- Capacité à travailler en interaction avec des profils scientifiques variés.
- Goût pour le travail en équipe et le partage de connaissances.
- Rigueur, sens de l'organisation et esprit critique.
- Capacité d'adaptation et intérêt pour des problématiques de recherche pluridisciplinaires.