Ingénieur-e en traitement et analyse d'images biologiques

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales

Important : Ces postes sont ouverts exclusivement aux fonctionnaires et aux agents en CDI relevant des trois fonctions publiques.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez le Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons, une unité de recherche qui étudie les grandes fonctions physiologiques des poissons, notamment la croissance, la reproduction et le comportement, afin de contribuer au développement durable des filières piscicoles. L'unité regroupe environ 70 personnes et s'appuie sur plusieurs plateformes et services techniques spécialisés en bioinformatique, histologie et imagerie.
Vous intégrerez le plateau technique d'histologie et d'imagerie, composé d'une assistante ingénieure responsable de plateau et d'un ingénieur de recherche référent scientifique. Vous travaillerez également en interaction étroite avec le plateau d'imagerie 3D et les équipes de recherche utilisatrices des outils d'imagerie.
Ce poste s'inscrit dans le développement des activités d'analyse et de valorisation des données d'imagerie biologique produites au sein de l'unité. Vous contribuerez à la mise en œuvre de méthodes de traitement d'images adaptées aux besoins des projets scientifiques, notamment pour l'analyse quantitative d'objets biologiques et le développement d'outils de visualisation et de gestion des données.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Traitement et analyse d'images biologiques
- Mettre en œuvre et développer des méthodes de traitement d'images 2D et 3D.
- Réaliser des segmentations d'images afin de quantifier des structures biologiques d'intérêt.
- Développer des approches de quantification, de classification et de visualisation des données d'imagerie.
- Utiliser des méthodes classiques et des approches basées sur l'intelligence artificielle pour l'analyse d'images.
- Répondre aux besoins spécifiques des équipes de recherche en matière d'analyse d'images biologiques.
Gestion des outils et des données
- Assurer la gestion des outils logiciels et matériels dédiés au traitement d'images.
- Participer à la structuration, au stockage et à l'archivage des données d'imagerie dans le respect des principes FAIR.
- Mettre en place des solutions de partage et de sauvegarde des fichiers images.
- Rédiger et maintenir la documentation technique associée aux outils et procédures.
Appui scientifique et missions transversales
- Accompagner et conseiller les utilisateurs des plateformes d'imagerie.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine du traitement d'images.
- Participer aux activités du Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI) SICPA.
- Contribuer aux missions transversales de l'unité en tant que personne ressource en informatique.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Le poste implique un travail quotidien sur écran dans un environnement de plateforme technique. Des déplacements occasionnels pourront avoir lieu pour participer à des réunions ou à des actions de valorisation scientifique.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes issu-e d'une formation en traitement d'images, informatique appliquée à l'imagerie biologique.
Une expérience significative en traitement d'images de microscopie et une expérience en laboratoire de recherche seront appréciées.
Savoir-faire :
- Mettre en œuvre des méthodes mathématiques de traitement et d'analyse d'images.
- Développer des outils de segmentation, de classification et de visualisation d'images.
- Programmer dans différents environnements informatiques.
- Utiliser des bibliothèques logicielles d'analyse d'images.
- Exploiter des approches d'intelligence artificielle appliquées à l'imagerie.
- Gérer des bases de données et des flux de données d'imagerie.
- Rédiger une documentation technique et accompagner les utilisateurs.
- Assurer une veille scientifique et technologique.
Savoir-être :
- Rigueur et fiabilité dans le suivi des activités.
- Autonomie et capacité d'adaptation.
- Sens du relationnel et du service aux utilisateurs.
- Goût pour le travail en équipe et les collaborations interdisciplinaires.
- Intérêt pour les environnements technologiques et scientifiques innovants.