Administrateur-trice de bases de données

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales

Important : Ces postes sont ouverts exclusivement aux fonctionnaires et aux agents en CDI relevant des trois fonctions publiques.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité MetaGenoPolis, spécialisée dans l'étude du microbiote intestinal et de son rôle dans la santé et la nutrition humaine et animale. Cette unité développe des ressources et des connaissances de référence dans le domaine du microbiote grâce à de grands projets de recherche nationaux et internationaux. Vous intégrerez la plateforme InfoBioStat, une équipe d'une vingtaine de personnes réunissant des expertises en bioinformatique, gestion des données et analyse statistique.
Votre mission s'inscrira dans un contexte de production et d'exploitation de volumes importants de données scientifiques issues de projets structurants consacrés au microbiote. L'unité développe et maintient des ressources bioinformatiques communes destinées à soutenir les travaux de recherche et à faciliter le partage de données au sein de la communauté scientifique.
Ce poste contribue directement à la qualité, à la valorisation et à la pérennité des données scientifiques produites par l'unité. Vous participerez au développement d'outils et de ressources essentiels pour la recherche en santé et nutrition, tout en favorisant l'interopérabilité des données et le déploiement de bonnes pratiques de gestion et de diffusion de l'information scientifique.
Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Gestion et valorisation des données scientifiques
- Recueillir et organiser les données des projets de recherche (Le French Gut et projets ancillaires, PEPR SAMS, etc.)
- Participer à la définition et à la mise en œuvre des bases de données et des ressources bioinformatiques communes (catalogues de gènes et d'espèces métagénomiques notamment)
- Administrer et maintenir les bases de données de l'unité
- Garantir la qualité, la cohérence et la disponibilité des données
- Participer à l'enrichissement et au nettoyage des bases de données (ex : catalogues de gènes, base de données de métagénomes et données cliniques, phénotypiques et nutritionnelles associées).
- Contribuer à la sécurité des données dans un environnement certifié ISO 9001/27001
- Faciliter le partage et la mise à disposition des données avec les partenaires
Déploiement et administration des ressources bioinformatiques
- Assurer le déploiement et les mises à jour des applications bioinformatiques pour les analystes
- Assurer l'administration, les mises à jour et la maintenance des solutions logicielles
- Améliorer les performances et les fonctionnalités des ressources existantes
- Réaliser une veille technologique sur les outils et méthodes du domaine
Documentation, accompagnement et diffusion des bonnes pratiques
- Rédiger et maintenir la documentation technique et fonctionnelle
- Former les utilisateurs aux ressources mises à disposition
- Participer à la définition et à la diffusion des bonnes pratiques de gestion des données
- Communiquer sur les évolutions des ressources développées
- Contribuer au rayonnement scientifique de l'unité auprès des communautés nationales et internationales

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation supérieure dans les domaines de la bioinformatique, de l'informatique appliquée aux sciences du vivant, de la gestion des données ou d'un domaine proche.
Une expérience en administration de bases de données, gestion de données scientifiques ou bioinformatique serait appréciée.
Savoir-faire :
- Connaitre l'algorithmique et les structures de données
- Connaitre la méthodologie de conduite de projet
- Connaitre les bases en biologie et santé pour mettre au point une chaîne de traitement de données et représenter des connaissances (ontologies)
- Construire, administrer et maintenir des bases de données relationnelles ou non relationnelles
- Utiliser les langages SGBD, SQL/NoSQL et les principaux systèmes de gestion de bases de données
- Développer des scripts ou applications en Python, R ou langage équivalent
- Mettre en œuvre des procédures de contrôle et de qualité des données
- Déployer et maintenir des applications dans des environnements Linux (Ubuntu, centOS), et Windows
- Concevoir et réaliser des plans de tests
- Rédiger une documentation technique et fonctionnelle
- Appliquer les principes de gestion du cycle de vie des données et les principes FAIR
Le poste nécessite la pratique de l'anglais technique dans un contexte professionnel.
Savoir-être :
- Rigueur et fiabilité
- Sens de l'organisation
- Esprit d'analyse et de synthèse
- Capacité d'initiative
- Aptitude au travail en équipe
- Qualités relationnelles et de communication