Ingénieur-e en développement logiciel pour la modélisation des plantes

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales

Important : Ces postes sont ouverts exclusivement aux fonctionnaires et aux agents en CDI relevant des trois fonctions publiques.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F) dont les recherches visent à améliorer la durabilité des prairies semées dans un contexte de transition agroécologique et d'adaptation au changement climatique.
Elle l'aborde par des approches pluridisciplinaires (écophysiologie, génétique, agronomie, modélisation…) appliquées à des objets biologiques complexes (couverts diversifiés en espèces et en génotypes), ce qui en fait un contributeur majeur à la modélisation des couverts végétaux hétérogènes et diversifiés. Elle joue un rôle moteur sur ces thématiques au sein de la plateforme OpenAlea.
Vous rejoindrez l'équipe d'écophysiologie et intégrerez pour 50% de votre temps le collectif des ingénieurs de la plateforme localisé sur plusieurs sites. L'animation à ce niveau sera assurée par des modelling sprint décentralisés. Vous développerez au sein de la plateforme de modélisation OpenAlea des modèles multi-échelles de simulation des plantes et de couverts végétaux en interaction avec leur environnement (sol/climat), et assurerez leur diffusion vers la communauté scientifique.
Vous aurez pour mission de contribuer au développement et à l'animation de la plateforme OpenAlea sur ces thématiques. Cela implique :
- la définition d'interfaces standards d'interactions entre modèles pour simuler les interactions entre plantes,
- l'accompagnement et la formation des équipes pour se conformer à ces standards et assurer la portabilité et la réutilisation des modèles dans ces nouveaux contextes agronomiques,
- la mise en place de benchmarking pour évaluer la performance des modèles couplés et des choix de modélisation, à la fois d'un point de vue des performances informatiques et du réalisme des systèmes simulés. Vous serez en forte interaction avec les scientifiques de l'unité P3F qui ont développé des approches de modélisation des couverts pluri-spécifiques sur prairies et cultures annuelles sur la plateforme OpenAlea (4 chercheurs et ingénieurs). Certains modèles de l'unité, déjà utilisés dans plusieurs projets et cas d'applications sur les céréales et graminées, les légumineuses, la modélisation de l'environnement radiatif, et le fonctionnement du sol, constitueront de premiers exemples pour construire et évaluer des solutions modulaires de modélisation généralisables à d'autres cas d'application.
Vous participerez à l'adaptation, au déploiement, à la formation et à la maintenance de ces modèles dans des contextes d'utilisation pour des couverts diversifiés.
Vous assurerez l'animation d'un des cas d'utilisation de la plateforme, en lien avec la modélisation des couverts diversifiés. Vous identifierez les besoins des utilisateurs, définirez un cahier des charges et accompagnerez les équipes de recherches qui souhaitent mettre en œuvre leur modèles dans ce cadre d'application en lien avec les cultures associées et l'agroforesterie.
L'animation transversale visera aussi à définir et mettre en œuvre une démarche d'évaluation continue des solutions proposées (benchmarking, jeux de données test…).

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Compétences principales recherchées :
- développement logiciel et gestion du cycle de vie du logiciel (compilation, versionnement, déploiement, test, documentation),
- montage et gestion de projets informatiques (si possible open source),
- bonne connaissance en science des données et calcul scientifique (gestion de données massives, workflows scientifiques),
- capacité à évoluer dans un monde scientifique avec un goût pour le travail collaboratif, en équipe et l'animation de collectifs,
- capacité à travailler dans un contexte pluri-disciplinaire.
Compétences informatiques :
- expert-e dans plusieurs langages de programmation (Python, C++) et en génie logiciel (git, conda),
- déploiement d'applications sur des infrastructures distribuées (Cluster, Cloud, docker),
- connaissance de l'environnement Jupyter et de l'écosystème scientifique Python.
Des connaissances et expériences dans les domaines suivants seraient un plus :
- modélisation mathématique de processus biologiques ou de systèmes complexes,
- calcul parallèle ou distribué,
- animation ou contribution à des projets logiciels libres,
- Infographie et modélisation 3D.