Ingénieur-e en science des données biologiques multimodales

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'infrastructure Infectiologie Expérimentale Rongeurs et Poissons qui compte environ 20 agents répartis sur 3 équipes et mène des recherches en santé animale. Ouverte à l'usage de la communauté scientifique académique et industrielle, elle offre un environnement adapté à l'étude des maladies infectieuses à plusieurs échelles allant des organismes modèles aux animaux de rente pour accompagner l'évolution des pratiques d'élevage vers la transition agroécologique.
Vous serez affecté-e à l'équipe du plateau de phénotypage pour le développement d'outils d'aide à la décision opérationnelle en aquaculture pour des applications en médecine vétérinaire de précision. La gestion et le traitement des données issues de l'aquaculture numérique constitue un enjeu important pour répondre aux besoins de suivi et d'intervention des professionnels dans les élevages et pour accroitre les connaissances en santé animale par les sciences du numériques.
Au sein de l'infrastructure, vous :
- Concevrez et élaborerez la structure de bases de données et des systèmes d'information permettant le recueil, la structure, la sauvegarde, le stockage, la gestion et la mise en relation de données multimodales;
- Concevrez des outils pour l'analyse des données biologiques multimodales obtenues par les différentes approches (données environnementales, imagerie multimodale, cytométrie, virologie, comportement);
- Assurerez l’implantation, l’adaptation et la mise au point de logiciels pour le développement d’outils d’analyse prédictive et d'aide à la décision en médecine vétérinaire;
- Assurerez l’interface avec les utilisateurs (conseil aux porteurs de projets, participation à l’analyse, l’interprétation et à la validation les résultats);
- Participerez au montage de projets scientifiques en lien avec les acteurs scientifiques et les acteurs de la filière (nationaux et internationaux);
- Participerez à l'animation des réseaux professionnels.
Vous serez en charge :
- Du plan de gestion des données de l'unité en lien avec les services informatiques INRAE et l'infrastructure EMERG'IN;
- De la conception des modèles mathématiques adaptés au traitements et à l'analyse des données de l'unité;
- De la conception des systèmes d'information à but décisionnel en médecine vétérinaire;
- De la conception des méthodes pour la modélisation, le calcul et la visualisation des résultats;
- De l'évaluation de la qualité des codes, des résultats et de leurs interprétations;
- De la formation aux principes et à la mise en œuvre des méthodes d'analyses de données biologiques multimodales;
Vous participerez au choix, aux demandes de financement et à l'acquisition de nouveaux équipements de phénotypage et d'analyse de données dans le cadre de projets scientifiques de l'infrastructure.
Vous représenterez l'infrastructure dans les instances de l'institut, de l'université et organiserez des évènements d'animation scientifiques pour accroitre la visibilité au sein des réseaux professionnels.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée en biostatistiques, biomathématiques, bio-informatique, modélisation biologie.
Connaissances :
- Calcul mathématique.
- Techniques statistiques et informatiques de collecte et de traitement de données analyse statistique.
- Algorithmique.
- Modélisation et simulation numérique.
- Connaissance des différentes méthodes de collecte et de traitement d'informations (quantitative, qualitative) et capacité à choisir la méthode adaptée pour l'aide à la décision.
- Langage de programmation.
- Statistiques.
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).
- Connaissances théoriques en biologie.
Savoir-faire :
- Savoir travailler en équipe multidisciplinaire.
- Concevoir un plan d'échantillonnage.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
- Concevoir des outils pédagogiques.
- Gérer les relations avec des interlocuteurs divers.
- Savoir rendre compte.
- Savoir utiliser les logiciels spécifiques à l'activité/outils informatiques.
Savoir-être :
- Sens du relationnel.
- Sens de l’organisation.
- Capacité d'adaptation.
- Capacité de décision.
- Faire preuve de rigueur et de précision.
- Aptitude pour le travail en équipe.
- Autonomie.
- Aptitude à porter les valeurs.