Ingénieure-e en bioinformatique et génomique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

L’Unité Mixte de Recherche en Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP) entre INRAE et l’université de Tours comprend 10 équipes de recherche qui ont pour objectif de prévenir et guérir les maladies infectieuses chez les animaux d’élevage et chez l’Homme. L’unité fédère 3 grandes disciplines de l’infectiologie : bactériologie, virologie, et parasitologie en leur associant des compétences en immunologie, biologie cellulaire et moléculaire. L’atteinte de ces objectifs passent par une meilleure connaissance des agents pathogènes, de leur résistance aux traitements et des mécanismes de l’infection.
L’équipe « Plasticité Génomique Biodiversité Antibiorésistance » étudie la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries Gram négatif ainsi que la diversité et l’évolution de mycobactéries pathogènes animales par des analyses de la plasticité et de l’évolution des génomes bactériens. D'autres équipes de l'unité ont parfois besoin de conseils méthodologiques.
Ingénieure-e en bioinformatique et génomique comparée bactérienne, vous serez amené-e à prendre en charge des analyses génomiques dans le cadre de différents projets portés par les chercheurs de l’équipe d’accueil. En interaction directe avec les chercheurs, vous participerez aux choix des méthodologies de production des données de séquençage haut-débit. Vous aurez pour mission d’assurer la gestion selon le principe FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) des données « omiques » produites. Vous assurerez le déploiement des outils bioinformatiques adéquats pour les analyses de génomique comparée (contrôle qualité des données brutes, assemblage, annotation, phylogénomique, analyses multivariées). Vous assurerez la veille scientifique et technologique des outils bioinformatiques dans votre domaine d’activité. Vous serez également membre de la cellule transversale de bioinformatique de l’unité et dans ce contexte, vous serez amené-e à apporter votre expertise en soutien et conseil à d’autres équipes de l’unité.
Vos activités principales seront :
- de mettre en œuvre des approches de génomique comparative et de phylogénomique pour comprendre la diversité et l’évolution des bactéries pathogènes étudiées dans l’unité ;
- l’analyse de jeux de données métagénomiques de microbiotes (pathobiome, flux de gènes, flore de barrière, …) ;
- mise en forme et visualisation graphique des résultats d'analyses ;
- gestion FAIR des données « omiques » produites et participation au plan de gestion des données aux échelles projet/équipe/unité (gestion et stockage des données brutes et d'analyses) ;
- gestion et mise à jour des outils et pipelines bio-informatiques déployés ;
- veille scientifique et technologique (méthodes de séquençage, outils bio-informatiques) ;
- le conseil et la formation aux outils bio-informatiques.

Ce poste nécessite d’exercer tout ou partie des fonctions en zone à régime restrictif (ZRR). Ceci implique l’obtention d’une autorisation d’accès délivrée après avis favorable des instances compétentes du Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une unité ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement envisagé.

Formations et compétences recherchées

Vous avez un diplôme en bioinformatique. Une première expérience serait appréciée.
Vos compétences :
- travail en ligne de commande ;
- maîtrise de langages de programmation ( Python, R,…) ;
- gestion de pipelines bio-informatiques ;
- travail sur clusters de calculs (parallélisation).