Ingénieur-e en calcul scientifique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

L'UMR (Unité mixte de recherche) EcoSys (Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes) mène des recherches sur le continuum sol-plante-atmosphère en lien avec les pratiques agricoles. Structurée en 2 équipes (150 personnes), nous étudions le fonctionnement des agroécosystèmes sous contraintes (a)biotiques, la dynamique des éléments eau-carbone-azote, les émissions de polluants vers les eaux et l'air, la dynamique des pesticides, l’exposition des invertébrés du sol et la valorisation agricole de produits résiduaires organiques. La modélisation de ces fonctions et leurs interdépendances avec les forçages anthropiques et climatiques est une activité centrale de l’UMR. Afin d’intégrer cette complexité, les modèles développés sont en cours d’implémentation sur des plateformes de modélisation INRAE (e.g. OpenFLUID, VSoil, OpenAlea) ou couplés à des modèles grandes échelles (Chimère, Orchidée).
Vous exercerez vos activités pour 80% du temps dans des projets scientifiques des 2 équipes, et pour 20% pour du conseil sur les choix de méthodes/ logiciels.
Une partie croissante des activités de l'Unité Mixte de Recherche Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (UMR EcoSys) repose sur un couplage d’outils de modélisation visant à décrire la complexité des interactions entre pratiques agricoles - fonctionnement des plantes contamination environnementale - exposition du biote et ce, à différentes échelles. Cela pose des questions de compatibilité d'échelles, de données requises, d’approches de modélisation, et requiert d’importants développements informatiques. Ces approches intégratives essentielles pour la compréhension de systèmes complexes nécessitent des compétences numériques et informatiques spécifiques pour réaliser les portages et couplages de modèles. Ainsi, en contact étroit avec les scientifiques modélisateurs, vous serez chargé-e de :
(1) porter les modèles développés dans l’UMR sur des plateformes de modélisation, au besoin les adapter et optimiser, et aider au développement de modules sur ces plateformes ;
(2) mettre en œuvre une démarche qualité en ingénierie logicielle (tests unitaires et d’intégration, traçabilité, versionnage, documentation, maintenance des codes) en contact étroit avec la cellule qualité de l’UMR et les RDO (Référents Données Opérationnelles) ;
(3) la réalisation de plans de simulations (automatisation des runs, gestions des données d’entrées et de sortie, estimation de paramètres, analyse de sensibilité via des méthodes statistiques).
Vous serez en charge des activités suivantes :
- vous prendrez en charge la solution technique du couplage/portage de modèles sur les outils externes (après vous être formé sur ces plateformes) via la rédaction d'un cahier des charges, la réalisation des adaptations identifiées que vous évaluerez (plan de simulations) et l'optimisation si nécessaire- vous assurerez la maintenance de ces couplages/portages;
- vous développerez des outils pour faciliter la gestion des données entrées/sorties (requérant une prise en main des outils). Vous serez notamment en charge de la programmation des simulations sur des serveurs de calcul en interne ou avec des supercalculateurs;
- vous mettrez en œuvre une démarche qualité en ingénierie logicielle;
- vous assurerez la documentation, maintenance et publication des méthodes/outils développés
- vous conseillerez les chercheurs sur le choix des logiciels et méthodes
- vous réaliserez des transferts de connaissances/ compétences (présentations, formations).
Vous serez la personne référente pour échanger avec les partenaires des projets, les développeurs des modèles, les informaticiens des plateformes et vous serez l’interlocuteur ECOSYS auprès de l’Initiative pour la Modélisation des AgroEcosystèmes (IMAE, département AgroEcoSystem). Vous serez également une personne ressource dans les démarches de science ouverte (ouverture des codes source, choix de licences open source) portées par l’UMR.
Ce poste vaut qualification informatique, ouvrant droit à une prime informatique en qualité de programmeur.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée en informatique scientifique, modélisation, simulation numérique, mathématiques appliquées, calcul intensif.
- Connaissances souhaitées : une part importante de vos activités consisteront à apporter des réponses à des besoins spécifiques, de programmer dans différents environnements informatiques. Des compétences en Linux pour la programmation de machines virtuelles sont essentielles.
Des compétences de programmation en divers langages tels Fortran ou C, C++, R, Python et/ou Julia seront appréciées ainsi qu’une appétence pour les sciences de l’environnement.
Une expérience en modélisation serait un plus.
- Aptitudes recherchées :
Vous possédez une excellente rigueur, organisation et autonomie de travail ainsi que de bonnes capacités d’adaptation pour le travail en petites équipes.
Une bonne aptitude de communication sera également nécessaire afin d’accompagner et conseiller les utilisateurs, rédiger la documentation associée et accompagner les utilisateurs via des sessions de formation. Une ouverture d'esprit et un intérêt pour les questions environnementales et la modélisation des systèmes seront également appréciés.