Assistant-e en biologie moléculaire

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein du laboratoire « Plant Health Institute of Montpellier » (PHIM) qui étudie les interactions entre les plantes et leur environnement biotique par des approches de biologie et génétique moléculaire, de génétique et génomique des populations et d’épidémiologie. L’unité compte 140 agents permanents et 60 non permanents.
Vous serez affecté-e à l’équipe CIME (Cereal Immunity and Magnaporthe Effectors). L’équipe CIME étudie les mécanismes moléculaires qui conduisent aux maladies fongiques ou qui, au contraire, permettent aux plantes de résister naturellement à ces maladies, dans le but de mieux comprendre le dialogue moléculaire entre plantes et microorganismes pathogènes et de générer des connaissances pour une protection efficace et durable des cultures.
En plus vous aurez une activité transversale dans la transmission de méthodes de biochimie des protéines de biologie synthétique et clonages haut débit.
Votre mission sera de contribuer, en interaction avec les chercheurs de l’équipe CIME de PHIM, à l’analyse fonctionnelle de gènes et de protéines clés du dialogue moléculaire entre les plantes et les agents pathogènes fongiques. Pour cela, vous utiliserez une large gamme d’outils et techniques de biochimie des protéines, de biologie moléculaire et de génomique fonctionnelle afin d’étudier des récepteurs immunitaires des plantes, des effecteurs de virulence d’agents pathogènes et leurs cibles chez la plante. Vous vous servirez des méthodes de clonage à haut débit et d’outils de biologie synthétique pour créer des constructions géniques nécessaires à vos analyses.
A 20% de votre temps, vous formerez et encadrerez d’autres agents dans l’utilisation de ces techniques, et vous gérerez et centraliserez, au niveau de l’unité, les outils et ressources biologiques pour la biologie synthétique, les clonages à haut débit et la biochimie des protéines.
Vous serez en charge de l’étude de la fonction de gènes et de l’activité de protéines clé dans les interactions plantes-champignon par un large spectre de techniques et d’approches :
- Clonage et biologie synthétique : clonages Gateway, Golden-Gate, Gibson, In Fusion, etc ;
- Analyse d’interactions protéine-protéine par diverses techniques de biologie moléculaire telles que le double hybride dans la levure, le split luciférase, le pull-down/MS, le Turbo-ID, la co-immunoprécipitation, etc ;
- Production de protéines recombinantes chez E. coli ou dans des systèmes eucaryotes (ex. plantes ou cellules d’insectes) ;
- Purification de protéines, par diverses techniques (ex. affinité, exclusion de taille, etc.) ;
- Caractérisation de protéines et de complexes protéiques par des techniques de biochimie et d’immunologie ;
- Creation de souches de champignons transgéniques ;
- Caractérisation d’organismes entiers par des méthodes de biologie moléculaire (PCR, qPCR, etc.).
Vous formerez les chercheurs, ingénieurs, techniciens et étudiants de l’équipe et de l’unité à l’utilisation de ces méthodes. Vous serez chargé-e de la sécurisation et la pérennisation des savoirs faires, protocoles, outils et ressources biologiques afin d’en assurer la traçabilité et l’accessibilité. Vous animerez le plateau « biochimie des protéines » de l’unité PHIM.

Formations et compétences recherchées

Formation et conaissances :
- Biologie moléculaire: clonage moléculaire classique et à haut débit (biologie synthétique de type clonage Gibson, golden Gate etc.) analyse de séquences, analyse d’interactions de protéines in vivo (ex. double hybride dans la levure, split luciférase, etc.) ;
- Biochimie des protéines : production de protéines recombinantes chez E. coli ou dans des systèmes eucaryotes (ex. plantes ou cellules d’insectes), purification de protéines, caractérisation de protéines par des approches biochimiques.
Compétences :
- Rigueur et sens de l’organisation ;
- Fiabilité et sens des responsabilités ;
- Capacité au travail en équipe ;
- Connaître et appliquer les bonnes pratiques de laboratoire ;
- Rédiger des documentations scientifiques ;
- Transmettre des savoir-faire et techniques ;
- Gérer les relations avec des interlocuteurs variés (chercheurs, ingénieurs, étudiants, stagiaires) ;
- Anglais : compréhension et expression orale niveau IV (B2), compréhension écrite niveau IV (B2).